Cytoskape xgmml edge.color и вес края не применяются, как мне это изменить?

Я сделал файл .xgmml для загрузки в цитоскейп. В .xgmml у меня есть разные веса и цвета для краев (см. внизу файл .xgmml). Однако, когда я загружаю файл .xgmml в Cytoscape и применяю макет, края имеют одинаковый вес и цвет.

Как я могу применить веса и цвета ребер .xgmml к сети?

введите здесь описание изображения

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<graph label="Depression" directed="0" xmlns="http://www.cs.rpi.edu/XGMML" schemaLocation="http://www.cs.rpi.edu/~puninj/XGMML/xgmml.xsd">
    <node id="A" label="A">
        <graphics type="rectangle" fill="#F8FF00"/>
        <att name="description" value="A"/>
    </node>
    <node id="B" label="B">
        <graphics type="triangle" fill="#CC51FF"/>
        <att name="description" value="B"/>
    </node>
    <node id="C" label="C">
        <graphics type="triangle" fill="#CC51FF"/>
        <att name="description" value="C"/>
    </node>
    <edge id="rs2" label="TRANS" source="A" target="B" weight="10">
        <att name="edge.shape" value="circle"/>
        <att name="edge.color" value="51,153,25"/>
    </edge>
    <edge id="rs1" label="CIS" source="A" target="C" weight="1">
        <att name="edge.shape" value="circle"/>
        <att name="edge.color" value="0,153,0"/>
    </edge>
</graph>

cytoscape
person Niek de Klein    schedule 01.06.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Мы не используем эти свойства. Для цвета и ширины мы кодируем их как атрибуты в графической строке:

<edge id="732" label="YDR412W (pp) YPR119W" source="386" target="382" cy:directed="1">
    <att name="shared name" value="YDR412W (pp) YPR119W" type="string" cy:type="String"/>
    <att name="shared interaction" value="pp" type="string" cy:type="String"/>
    <att name="name" value="YDR412W (pp) YPR119W" type="string" cy:type="String"/>
    <att name="selected" value="1" type="boolean" cy:type="Boolean"/>
    <att name="interaction" value="pp" type="string" cy:type="String"/>
    <att name="EdgeBetweenness" value="18040.0" type="real" cy:type="Double"/>
    <att name="isInPath" value="0" type="boolean" cy:type="Boolean" cy:hidden="1"/>
    <graphics width="5.0" fill="#FF00FF">
      <att name="EDGE_STROKE_SELECTED_PAINT" value="#FF0000" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_SELECTED" value="true" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TOOLTIP" value="" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL_COLOR" value="#000000" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_BEND" value="" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TARGET_ARROW_UNSELECTED_PAINT" value="#000000" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TARGET_ARROW_SELECTED_PAINT" value="#FFFF00" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL" value="" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TARGET_ARROW_SIZE" value="6.0" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_SOURCE_ARROW_SIZE" value="6.0" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_CURVED" value="true" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_VISIBLE" value="true" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_SOURCE_ARROW_SELECTED_PAINT" value="#FFFF00" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_SOURCE_ARROW_SHAPE" value="NONE" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL_TRANSPARENCY" value="255" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TRANSPARENCY" value="170" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LINE_TYPE" value="SOLID" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_SOURCE_ARROW_UNSELECTED_PAINT" value="#000000" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL_FONT_FACE" value="Dialog.plain,plain,10" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL_FONT_SIZE" value="10" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_TARGET_ARROW_SHAPE" value="NONE" type="string" cy:type="String"/>
      <att name="EDGE_LABEL_WIDTH" value="200.0" type="string" cy:type="String"/>
    </graphics>
  </edge>

В результате получается пурпурный край шириной 5.

-- самокат

person Scooter Morris    schedule 04.06.2020
comment
Знаете ли вы, есть ли где-нибудь полная спецификация того, как Cytoskape использует файлы .xgmml? Я пытаюсь сделать то же самое для узлов (сделав их прозрачными) и согласно code.google.com/archive/p/dynnetwork/wikis/DynamicXGMML.wiki это должно быть возможно путем добавления прозрачности=...: в тег ‹node›, но это не работает. Я не могу найти в Интернете, какие свойства использует Cytoskape, которые отличаются от определений xgmml. - person Niek de Klein; 21.08.2020