Я хотел бы использовать snakemake с LSF.
Я следую этот URL.
Мой файл Snakefile содержит:
rule all:
input:
"foo.txt",
"file.out"
rule foo:
input: "foo.txt"
output: "bar.txt"
shell:
"set +o pipefail; grep bar {input} > {output} "
rule bar:
input: "bar.txt"
output: "file.out"
shell:
"echo blah > {output}"
По тому же пути у меня есть файл lsf.yaml. Файл содержит:
__default__:
- "-q medium"
foo:
- "-q short"
Он работает нормально, когда я запускаю его с помощью команды:
змейка -j 1
Это не удалось, когда я попытался проверить это с помощью lsf. Я бегу:
snakemake -j 1 - кластер "bsub"
Я получил:
Создание DAG заданий ... Использование оболочки: / usr / bin / bash Предоставляемый кластер
узлов: 1 Количество заданий:
количество заданий
1 все
1 полоса
1 foo
3
[Чт, 18 июня, 15:47:21 2020] rule foo:
ввод: foo.txt
вывод: bar.txt
jobid: 2
Память резервирование (МБ): 1024 Ограничение памяти (МБ): 1024 обучение:
Нет такой очереди. Работа не отправлена. Ошибка при отправке сценария задания (код выхода 255):
Завершение работы, это может занять некоторое время. Выход из-за сбоя
выполнения задания. См. Выше сообщение об ошибке. Полный журнал:
/home/student6/snakemake_test/.snakemake/log/2020-06-18T154721.snakemake.log
В файле журнала есть то же сообщение, что и выше, плюс:
Ошибка при отправке скрипта задания (код выхода 255):
Как заставить snakemake работать с LSF?
Спасибо.