long start = System.currentTimeMillis();
counter.countPrimes(1000000);
long end = System.currentTimeMillis();

System.out.println("Took : " + ((end - start) / 1000));

ОБНОВЛЕНИЕ

Еще более точным решением будет:

final long start = System.nanoTime();
counter.countPrimes(1000000);
final long end = System.nanoTime();

System.out.println("Took: " + ((end - start) / 1000000) + "ms");
System.out.println("Took: " + (end - start)/ 1000000000 + " seconds");

TimeUnit

Используйте TimeUnit enum, встроенный в Java 5 и более поздние версии.

long timeMillis = System.currentTimeMillis();
long timeSeconds = TimeUnit.MILLISECONDS.toSeconds(timeMillis);

вот так:

(int)(milliseconds / 1000)

Из вашего кода может показаться, что вы пытаетесь измерить, сколько времени заняло вычисление (в отличие от попытки выяснить, что такое текущее время).

В этом случае вам нужно вызвать currentTimeMillis до и после вычисления, взять разницу и разделить результат на 1000, чтобы преобразовать миллисекунды в секунды.

Java 8 теперь предоставляет наиболее лаконичный метод для получения текущей временной метки Unix:

Instant.now().getEpochSecond();

Я написал следующий код в моем последнем задании, это может вам помочь:

// A method that converts the nano-seconds to Seconds-Minutes-Hours form
private static String formatTime(long nanoSeconds)
{
    int hours, minutes, remainder, totalSecondsNoFraction;
    double totalSeconds, seconds;


    // Calculating hours, minutes and seconds
    totalSeconds = (double) nanoSeconds / 1000000000.0;
    String s = Double.toString(totalSeconds);
    String [] arr = s.split("\\.");
    totalSecondsNoFraction = Integer.parseInt(arr[0]);
    hours = totalSecondsNoFraction / 3600;
    remainder = totalSecondsNoFraction % 3600;
    minutes = remainder / 60;
    seconds = remainder % 60;
    if(arr[1].contains("E")) seconds = Double.parseDouble("." + arr[1]);
    else seconds += Double.parseDouble("." + arr[1]);


    // Formatting the string that conatins hours, minutes and seconds
    StringBuilder result = new StringBuilder(".");
    String sep = "", nextSep = " and ";
    if(seconds > 0)
    {
        result.insert(0, " seconds").insert(0, seconds);
        sep = nextSep;
        nextSep = ", ";
    }
    if(minutes > 0)
    {
        if(minutes > 1) result.insert(0, sep).insert(0, " minutes").insert(0, minutes);
        else result.insert(0, sep).insert(0, " minute").insert(0, minutes);
        sep = nextSep;
        nextSep = ", ";
    }
    if(hours > 0)
    {
        if(hours > 1) result.insert(0, sep).insert(0, " hours").insert(0, hours);
        else result.insert(0, sep).insert(0, " hour").insert(0, hours);
    }
    return result.toString();
}

Просто конвертируйте наносекунды в миллисекунды.

Для преобразования миллисекунд в секунды, поскольку 1 секунда = 10³ миллисекунд:

//here m will be in seconds
long m = System.currentTimeMillis()/1000;

//here m will be in minutes
long m = System.currentTimeMillis()/1000/60; //this will give in mins