Половина путей, которые я пытаюсь загрузить, не имеют аннотаций узлов.

Я загружаю пути с WikiPathways, чтобы визуализировать данные об экспрессии белка. Некоторые пути загружаются нормально, однако некоторые (включая WP2572, WP51, WP306) не имеют аннотаций узлов. Я ничего не делаю по-другому при их загрузке, кто-нибудь может предложить решение?

Снимок экрана с проблемой


person Catherine Shelton    schedule 02.02.2021    source источник


Ответы (1)


Можете ли вы сказать нам, какую версию Cytoscape и какую версию приложения wikipathways вы используете? Я только что импортировал WP2572, и он отлично смотрится на моей машине. Вы также можете убедиться, что таблица стилей имеет правильное сопоставление — это должно быть сквозное сопоставление с именем.

-- самокат

person Scooter Morris    schedule 04.02.2021
comment
Спасибо за ваш ответ! Я использую версию 3.8.2 цитоскейпа и wikipathways 3.3.7, и все настройки таблицы стилей кажутся правильными. - person Catherine Shelton; 09.02.2021