Безопасно ли использовать массивы переменной длины?

Вы правы в том, что VLA практически всегда небезопасны. Единственным исключением является то, что если вы гарантируете, что никогда не сделаете их больше, чем размер, вы чувствовали бы себя в безопасности, создавая массив фиксированного размера, и в этом случае вы могли бы просто использовать массив фиксированного размера. Существует один малоизвестный класс рекурсивных алгоритмов, в которых VLA могут иметь значение между неспособностью решить проблему (переполнение стека) и возможностью, но по большей части я бы рекомендовал никогда не использовать VLA.

Однако это не означает, что типы VLA бесполезны. Хотя VLA — это плохо или опасно, типы указатель на VLA чрезвычайно полезны. Они позволяют динамически распределять (через malloc) многомерные массивы без выполнения арифметических операций вручную, как в:

size_t n;
double (*matrix)[n] = malloc(n * sizeof *matrix);

чтобы получить матрицу n на n, адресуемую как matrix[i][j].