Остановка всех анимаций, выполняемых в другом потоке

Вы можете делать анимацию, используя блочную анимацию UIView, с набором delay:. Нить там не беспокоит.

Эти анимации можно прервать, запустив другую блочную анимацию с параметром UIViewAnimationOptionBeginFromCurrentStateset.

Для альфа-переходов это нормально, поскольку не имеет значения, какова текущая позиция анимации. Если вы перемещаете объекты, вы можете получить текущую позицию, запросив view.layer.presentationLayer, который содержит текущее состояние объекта. Для этого вам нужно будет импортировать фреймворк QuartzCore. Это также дает вам метод removeAllAnimations, который будет делать то, на что он похож, и переводит любое представление прямо в конечную точку любых анимаций, которые он ожидает или активен.

Я не думаю, что вы можете остановить уже запланированные анимации. Но вы можете установить переменную экземпляра с флагом BOOL, указывающим, была ли уже нажата кнопка или нет.

Например, предположим, что целью вашей кнопки является метод buttonTapped.

Инициализируйте свой флаг на NO.

- (id)init {
    if (self = [super init]) {
        buttonAlreadyTapped = NO;
    }

    return self;
}

В целях вашей кнопки установите флаг YES.

- (void)buttonTapped {
    self.buttonAlreadyTapped = YES;
}

И изменяйте alpha только в том случае, если установлен флаг NO.

for (NSInteger i = 1; i <= [menuItems count]; i++) {        
    UIButton *menuItem = [menuItems objectAtIndex:i-1];

    dispatch_after(dispatch_time(DISPATCH_TIME_NOW, (3 * i) * NSEC_PER_SEC), dispatch_get_current_queue(), ^{
        if (!self.buttonAlreadyTapped) {
            menuItem.alpha = 1.0f;
        }
    });
}

Помните, что отправка сообщений на UIKit должна всегда выполняться в основном потоке.

for (NSInteger i = 1; i <= [menuItems count]; i++) {        
    UIButton *menuItem = [menuItems objectAtIndex:i-1];

    dispatch_after(dispatch_time(DISPATCH_TIME_NOW, (3 * i) * NSEC_PER_SEC), dispatch_get_current_queue(), ^{
        if (!self.buttonAlreadyTapped) {
            dispatch_async(dispatch_get_main_queue(), ^{
                menuItem.alpha = 1.0f;
            });
        }
    });
}

Возможно, вы найдете ответ в этом ответе и, возможно, вы будете делать свои вещи по-другому.