Преобразование wstring в jstring в Linux

Вы должны использовать что-то вроде iconv(), потому что широкие строки C++ имеют непрозрачную (читай: неизвестную) кодировку, а Java ожидает UTF16. Попробуй это:

#include <iconv.h>
#include <string>
#include <vector>
#include <iostream>

std::u16string convert(std::wstring s)
{
  iconv_t cd = iconv_open("UTF-16BE", "WCHAR_T");

  if (cd == iconv_t(-1))
  {
    std::cout << "Error while initializing iconv: " << errno << std::endl;
    iconv_close(cd);
    return std::u16string();
  }

  std::size_t n = s.length() * 2 + 1; // Each character might use up to two CUs.
  const std::size_t norig = n;
  std::size_t m = s.length() * sizeof(std::wstring::value_type);

  std::vector<char16_t> obuf(n);
  char * outbuf = reinterpret_cast<char*>(obuf.data());
  const char * inbuf = reinterpret_cast<const char*>(&s[0]);

  const std::size_t ir = iconv(cd, const_cast<char**>(&inbuf), &m, &outbuf, &n);

  if (ir == std::size_t(-1))
  {
    std::cout << "Error while converting with iconv(): " << errno << ":" << EINVAL << ", left " << m
              << ", written " << std::dec << norig - n << " bytes." << std::endl;
    iconv_close(cd);
    return std::u16string();
  }

  iconv_close(cd);

  return std::u16string(obuf.data(), (norig - n)/sizeof(std::u16string::value_type));
}

Если у вас нет char16_t и std::u16string, вы можете использовать uint16_t в качестве основного типа символов и std::basic_string<uint16_t> или std::vector<uint16_t> в качестве результирующего контейнера.