Python, os.system дает сбой, когда скрипт находится не в той же папке

У меня есть файл bat.bat, содержащий следующую команду: 'setup.py build'

У меня есть скрипт, который выполняет эту команду bat, используя:
os.system('E:/bla/FPtest/retryURL/Temp_installed/bat.bat'

Если я запускаю скрипт из той же папки, что и bat.bat ... он работает идеально.

Если я запускаю его в ЛЮБОЙ другой папке, возвращается следующая ошибка.

**'setup.py'** is not recognized as an internal or external command, operable program or batch file.

Я также пробовал subprocess.Popen, который возвращает тот же результат, НО он включает это вверху: C:\Eclipse\Workspace\example>setup.py build ... мммммм ...

ОБНОВЛЕНИЕ:

Я решил запустить команду os.system в том же каталоге, где хранится файл bat.bat (это ТАКЖЕ каталог, в котором хранится setup.py)

вызов должен быть таким простым сейчас.

import os
os.system('bat.bat')     note: (run from pydev)

результат:

E:\App\FPtest\retryURL\Temp_installed>setup.py build 
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python31\lib\site.py", line 56, in <module>
    import os
  File "C:\Python31\lib\os.py", line 380, in <module>
    from _abcoll import MutableMapping  # Can't use collections (bootstrap)
  File "C:\Python31\lib\_abcoll.py", line 49
    class Hashable(metaclass=ABCMeta):
                            ^
SyntaxError: invalid syntax

Дополнительное примечание:

Если я запускаю любой «простой» файл .bat, все работает нормально. и если я запускаю файл .bat вне интерпретатора, он тоже работает нормально ... что наводит меня на мысль, что проблема заключается в содержимом файла .bat, содержимое которого: setup.py build.
В этом случай, когда содержимое файла .bat выполняет команду cx_freeze для замораживания и выполнения, но указанная выше ошибка возвращается, когда я пытаюсь это сделать.

ОБНОВЛЕНИЕ:

Похоже, что запуск os.system('bat.bat') или эквивалентного подпроцесса успешно выполняет файл .bat, если он запускается из стандартного интерпретатора python. Так что это только безуспешно, если запустить из Pydev