Я пытаюсь вычислить medoid в Matlab. Однако я не знаю, как это сделать. Мой набор данных состоит из нескольких точек трехмерных данных (таким образом, облако точек в системе с тремя осями). Медоид — это точка, «средняя непохожесть которой на все остальные объекты кластера минимальна» (википедия).
Кто-нибудь знает, как рассчитать медоид в Matlab?
Кстати: насколько мне известно, алгоритм k-medoid нельзя использовать для расчета медоида (эффективно), поэтому я ищу другой способ.
Это не должно быть сложно сделать после того, как вы предоставите метрику. Вот реализация для скаляров:
function m = medoid(set,metric)
[X,Y] = meshgrid(set,set); %Create all possible pairs
dist = metric(X,Y); %Run metric
%Each distance is calculated twice, that doesn't matter.
%Also addition of zeros doesn't matter because we are looking for minimum.
totalDist = mean(dist,1);
[~,i] = min(totalDist);
m = set(i);
end
И вариант использования:
metric = @(x,y) ( abs(x-y));
m = medoid([1 2 3 3 3 3 3], metric)
Вы можете распространить его на векторы, я оставлю это в качестве упражнения для читателя. (Или кто-то, кто хочет добавить улучшенный ответ).
