Мне нужно, чтобы оба моих файла выравнивания были в формате бабочки и samtools, чтобы я мог передать их в разные программы позже в моем конвейере. Есть ли какой-либо метод, который я могу использовать для преобразования файла выравнивания sam в файл...

Я получил генотипы SNP в дозированном формате, которые были импутированы с использованием протокола ENIGMA. Я хочу проанализировать эти данные, используя plink --dosage [ ...] --fam [...] (я считаю, что это правильный синтаксис.) Для каждой...

Итак, я просто пытаюсь вычислить частоты отдельных нуклеотидов (A, T, C, G) в ОГРОМНОМ файле, который содержит шаблон, подобный этому: TTTGTATAAGAAAAAATAGG. Это дало бы мне одну строку вывода всего файла, например: The single nucleotide...

Я пытался реализовать сам, используя оригинальную бумагу, но застрял. Допустим, в последнем поколении у меня были следующие виды: Specie 1: members: 100 avg_score: 100 Specie 2: members: 150 avg_score: 120 Specie 3: members:...