Я знаю, как запустить bash-скрипт на Jenkins. Однако, если я использую qsub для отправки сценария bash в систему OGE, как Дженкинс узнает, завершена моя работа или нет?

Параметр -V с qusb импортирует только переменную среды, но не псевдоним из .bashrc . Например ### in .bashrc alias ll='ls -ltr' alias la='ls -A' export PYTHONPATH=/local/python_other:$PYTHONPATH и скрипт qsub #!/bin/sh #$ -V echo...

На справочной странице qstat (Sun Grid Engine): mem: Текущее накопленное использование памяти заданием в гигабайтах секунд. Что это значит?

Когда я qsub скрипт, который запускает java-программу, я получаю эту ошибку: Исключение в потоке «main» java.lang.UnsatisfiedLinkError: /usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so: libXtst.so.6: невозможно открыть файл общего объекта:...

Я пытаюсь настроить некоторые bash-скрипты, чтобы они запускались на ( pbs ) кластер. Отдельные задачи выполняются несколькими сценариями, которые запускаются основным сценарием. Пока что эти основные сценарии запускают несколько сценариев в...

Как передать массивы в виде списка переменных через сценарий задания qsub в среде PBS? Например: arr1=(1 2 3); arr2(a b c); qsub -v array1=("${arr1[@]}"), array2=("$arr2[@]") job_script.bash где job_script.bash имеет переменные массива...

Вот что в cwd: blastn_build.sh qscript Они оба в настоящее время установлены как исполняемые (но не двоичные). Вот содержимое blastn_build.sh: #!/bin/bash update_blastdb.pl --showall Вот содержимое qscript: qsub -S...

Приветствую всех! У меня вопрос по разделению памяти в кластере. Я новичок в кластере и не могу решить свою проблему после нескольких недель попыток, поэтому я ищу здесь помощи, любое предложение будет признательно! Я хочу использовать...

Я хотел бы отправить задание исключительно на один узел в cfncluster, используя параметр qsub планировщика SGE. Кто-нибудь знает, как правильно зарезервировать или использовать полный экземпляр для задания в cfncluster. qsub -l hostname=node@123...

Я хотел бы использовать скрипт bash и qsub для одновременного запуска 30-40 программ на Python. Каждая программа на Python читает и ищет в одном и том же наборе файлов (всего около 400) набор последовательностей. Есть ли проблема, когда несколько...

Я запускаю скрипт «example.sh», который принимает 5 аргументов командной строки. Это отлично работает: ./example.sh arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 и он возвращает файл result1.txt Теперь, когда я пытаюсь запустить его в кластере SGE (с "./"...

Недавно мне пришлось перейти с вычислительного кластера с LSF (bsub) на тот, который использует Torque (qsub). В предыдущем кластере я смог проверить свои задания на лету с помощью команды bpeek . На новом кластере эта команда недоступна (ни...

Были ли у кого-нибудь проблемы с змейкой, узнав, что работа просрочена. Я отправляю задания в кластер, используя qsub с тайм-аутом, установленным для каждого правила: snakemake --jobs 29 -k -p --latency-wait 60 --use-envmodules \ --cluster...

Я использую snakemake в режиме кластера, чтобы отправить простой рабочий процесс с одним правилом в HPCC, который запускает Torque с несколькими вычислительными узлами. Хранилище NFSv4 смонтировано в / data. Есть ссылка / PROJECT_DIR - ›/ data /...