Я пытаюсь отправить пакетные задания в SLURM, но продолжаю получать JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode . Я могу скомпилировать и запустить код на обычном g ++, но мне нужно использовать SLURM для школьных заданий. Я думал, что запускаю их...

Я пытаюсь выровнять 168 файлов последовательностей на нашем HPC, используя slurm версии 14.03.0. Мне разрешено использовать максимум 9 вычислительных узлов одновременно, чтобы некоторые узлы оставались открытыми для других людей. Я изменил имена...

Могу ли я отправлять "однострочные" сообщения в SLURM? Используя bsub из LSF и стандартную утилиту Linux xargs , я могу легко отправить отдельное задание для распаковки всех файлов в каталоге: ls *.gz | sed 's/.gz$//g' | xargs -I {} bsub...

Я хотел запустить сценарий python с помощью sbatch, однако кажется, что единственный способ запустить сценарий python с помощью sbatch - это иметь сценарий bash, который затем запускает сценарий python. Как и в случае batch_main.sh :...

Я пытался запускать задания slurm с srun в фоновом режиме. К сожалению, прямо сейчас из-за того, что мне нужно запускать вещи через докер, использование sbatch немного раздражает, поэтому я пытаюсь выяснить, смогу ли я избежать всего этого вместе....

Я нашел несколько очень похожих вопросов, которые помогли мне прийти к сценарию, который, кажется, работает, однако я все еще не уверен, полностью ли я понимаю, почему, поэтому этот вопрос ... Моя проблема (пример): на 3 узлах я хочу запустить 12...

Я новичок в Slurm и пытаюсь запустить несколько исполняемых файлов для параллельной работы (в приведенном ниже примере это просто команда даты). Я хотел бы, чтобы они начинались в разное время, разделенные небольшой задержкой. Я сделал несколько...

У меня есть программа, которая берет входной файл, описывающий диапазон начальных условий, и выводит диапазон конечных условий. У меня также есть пакетный сценарий, который «распараллеливает» программу, просто разбивая диапазоны начальных условий во...

Команда, которую я использую для запуска snakemake: snakemake --snakefile Snakefile --configfile config.json --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --notemp --reason --use-singularity --singularity-args "--bind /somepath/folder" --jobs...