Гасфилд (Алгоритмы для строк, деревьев и последовательностей, раздел 11.8.6) описывает алгоритм динамического программирования для нахождения наилучшего выравнивания между двумя последовательностями A и B в предположении, что штраф, назначенный...

Я пытаюсь написать скрипт Python3, который выполняет глобальное выравнивание двух последовательностей длиной ~ 10 КБ и 11 КБ. Оба очень похожи друг на друга. (Я пытаюсь найти несколько точек, где они не совпадают, одна из которых, как мне известно,...

Я создал инструмент выравнивания последовательностей для сравнения двух цепочек ДНК (X и Y), чтобы найти наилучшее выравнивание подстрок из X и Y. Алгоритм кратко изложен здесь ( https://en.wikipedia.org)./wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm ). Я...