Как преобразовать R Markdown в HTML? То есть, что Knit HTML делает в Rstudio 0.96?

Поместите Sys.sleep(30) в кусок, и вы четко увидите, какие команды вызываются RStudio. В основном они

1. library(knitr); knit(), чтобы получить файл уценки;
2. RStudio имеет внутренние функции для преобразования разметки в HTML;

Второй шаг будет более прозрачным в следующей версии markdown < / a> пакет. В настоящее время вы можете использовать knitr::knit2html('your_file.Rmd') для получения HTML-файла, аналогичного тому, который вам предоставляет RStudio.

Обновление от 2017/09/17: Приведенный выше ответ относится к RStudio v0.96 (в 2012 году). Теперь R Markdown компилируется через rmarkdown::render(), который использует Pandoc вместо устаревшего пакета R markdown. Дополнительную информацию см. В сообщении Взаимосвязь между R Markdown, Knitr, Pandoc и Bookdown.

Базовый сценарий

Итак, теперь, когда выпущен пакет R markdown, вот код для воспроизведения функций Knit в Html.

require(knitr) # required for knitting from rmd to md
require(markdown) # required for md to html 
knit('test.rmd', 'test.md') # creates md file
markdownToHTML('test.md', 'test.html') # creates html file
browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'test.html'), sep='')) # open file in browser 

где test.rmd - имя вашего файла уценки R. Обратите внимание, что я не уверен на 100% в строке browseURL (отсюда и мой вопрос об открытии файлов в веб-браузере) .

Параметры markdownToHTML

В markdownToHTML хорошо то, что существует множество вариантов создания HTML (см. ?markdownHTMLOptions). Так, например, если вам нужен только фрагмент кода без всей информации заголовка, вы можете написать:

markdownToHTML('test.md', 'test.html', options='fragment_only')

или если вам не нравится жесткая упаковка (т.е. вставка разрывов строк, когда в источнике уценки есть отдельные ручные разрывы строк), вы можете опустить опцию 'hard_wrap'.

# The default options are 'hard_wrap', 'use_xhtml', 
#      'smartypants', and 'base64_images'.
markdownToHTML('test.md', 'test.html', 
       options=c('use_xhtml', 'base64_images'))

Makefile

Все это также можно добавить в make-файл, возможно, используя Rscript -e (например, что-то вроде этого). Вот базовый пример make-файла, который я собрал, где test указывает, что файл rmd называется test.rmd.

RMDFILE=test

html :
    Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$(RMDFILE).rmd', '$(RMDFILE).md'); markdownToHTML('$(RMDFILE).md', '$(RMDFILE).html', options=c('use_xhtml', 'base64_images')); browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'$(RMDFILE).html'), sep=''))"

В make-файле используются мои предпочтительные параметры уценки: т.е. options=c('use_xhtml', 'base64_images')

Очень простой метод командной строки от в двух словах о вязальщике:

R -e "rmarkdown::render('knitr_example.Rmd')"

Для этого требуется, чтобы rmarkdown был установлен с install.packages(rmarkdown) и чтобы был установлен pandoc (очевидно, он поставляется с Rstudio, см. knitr in a knutshell для получения дополнительной информации).

До сих пор, когда я использовал это, он красиво помещает все графики в файл HTML, а не как изображения в каталог рисунков, и очищает любые промежуточные файлы, если таковые имеются; точно так же, как это делает компиляция в RStudio.

Похоже, вам следует вызвать rmarkdown :: render () вместо knitr :: knit2html (), потому что a.rmd выглядит как документ R Markdown v2.