Предполагается, что функция heatmap в R помогает человеку интерпретировать относительные значения элементов матрицы. Однако кажется, что клетки не окрашиваются последовательно в пределах заданного графика, что является серьезным препятствием для правильной интерпретации относительных значений.
Например, давайте сгенерируем некоторые данные, объединив столбцы обычных случайных переменных:
foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10)))
Теперь, если мы соотносим столбцы foo, мы можем убедиться, что получаем 1 в диагональных элементах, поскольку корреляция любого столбца с самим собой равна 1:
cor.matrix <- cor(foo)
Но когда мы рисуем:
heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA)
(здесь мы подавляем переупорядочение дендрограммы, хотя, похоже, это не имеет значения)
диагональные ячейки окрашены неравномерно, как вы можете видеть: 
Кто-нибудь может объяснить, что здесь происходит?
