Берроуз-Уилер выходит на передний план

Для проекта, над которым я работаю, мне нужно реализовать преобразование Берроуза-Уилера MoveToFront в пространстве O(n). Однако по какой-то причине мой код работает с большинством значений, которые я ему подбрасываю, но не со всеми.

Моя реализация выглядит примерно так:

public byte[] transform (byte[] input)
{
    if (input.length == 0)
         return input;
    IndexedByte[] bytes = new IndexedByte[input.length];
    for (int i = 0; i < input.length; i++)
    {
        bytes[i] = new IndexedByte(input[i],i);
    }
    for (int i = 0; i < input.length -1; i++)
    {
        bytes[i].next = bytes[i+1];
    }
    bytes[input.length - 1].next = bytes[0];
    Arrays.sort(bytes);

    byte[] newBytes = new byte[input.length];
    for (int i = 0; i < bytes.length; i++)
        newBytes[i] = bytes[i].b;

    int[] indexes = new int[input.length];
    for (int i = 0; i < indexes.length; i++)
        indexes[i] = (bytes[i].origIndex + (input.length - 1)) % input.length;
    int x = 0;
    String str = new String(input); 
    for (int i = 0; i < input.length; i++)
    {
        if (bytes[i].origIndex == 0)
        {
            x = i;
            break;
        }
    }   
            byte[] header = intToByteArray(x);
    byte[] result = new byte[indexes.length+header.length];
    for (int i = 0; i < header.length; i++)
        result[i] = header[i];
    for (int i = 0; i < indexes.length; i++)
        result[i+header.length] = input[indexes[i]];
    return result;
}

Любые советы о том, что я делаю неправильно здесь? Кажется, что это не работает, когда встречается небуквенно-цифровой символ (т.е. само кодирование, кажется, что /* и т. д. испортят его).