Сети импорта R и cytoscape

Я пробовал использовать пакет RCytoscape для экспорта сетей из R в cytoscape. Я пытался следовать документации, но безуспешно. Ниже приведены используемые мной команды:

data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <- liver.toxicity$clinic
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10))
result<-network(toxicity.spls, comp = 1:3, threshold = 0.8, 
 X.names = NULL, Y.names = NULL, keep.var = TRUE,
 color.node = c("mistyrose", "lightcyan"),
  shape.node = c("rectangle", "circle"),
  color.edge = c("red", "blue"),
   lty.edge = c("solid", "solid"), lwd.edge = c(1, 1), 
   show.edge.labels = FALSE, interactive = FALSE)
  library(RCytoscape)
  cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=makeSimpleGraph())
  displayGraph (cw)

Вместо импорта 42 вершин и 78 ребер он просто импортирует те три ребра и узла, которые показаны в документации. Я не понимаю, почему ошибаюсь.


r cytoscape
person Stacey John    schedule 17.09.2012    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Если «результат» - это ваш график, то это должно сработать:

cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=result);
displayGraph (cw)

В текущей форме вашего кода - это легко сделать! - вы просите RCytoscpe отобразить демонстрационный график, созданный с помощью демонстрационного метода RCy, 'makeSimpleGraph ()'

Позвольте мне также спросить, возможно, чтобы избежать неприятностей: ваша сетевая функция возвращает graphNEL?

Если у вас есть какие-либо сомнения относительно того, как создать graphNEL, просто введите makeSimpleGraph в приглашении R, чтобы увидеть весь код, который используется для создания graphNEL, с узлами, ребрами и атрибутами.

Есть смысл? Сообщите нам, если у вас возникнут новые трудности.

person Paul Shannon    schedule 17.09.2012
comment
Большое тебе спасибо. Это была простая ошибка. - person Stacey John; 19.09.2012