Исключить пробел и NA в R

Возможный дубликат:
R - удалить строки с NA в data.frame

У меня есть фрейм данных с именем sub.new с несколькими столбцами. И я пытаюсь исключить любую ячейку, содержащую NA или blank space "".
I tried to use subset(), но она нацелена на определенный условный столбец. Есть ли способ просканировать весь фрейм данных и создать подмножество, в котором ни одна ячейка не является ни NA, ни blank space?

В приведенном ниже примере следует оставить только первую строку:

# ID               SNP             ILMN_Strand   Customer_Strand
ID1234              [A/G]          TOP           BOT
Non-Specific        NSB (Bgnd)     Green
Non-Polymorphic     NP (A)         Red
Non-Polymorphic     NP (T)         Purple
Non-Polymorphic     NP (C)         Green
Non-Polymorphic     NP (G)         Blue
Restoration         Restore        Green

Какие-либо предложения? Спасибо


r na
person lusketeer    schedule 06.10.2012    source источник
comment
что у них не получилось? Можете ли вы привести нам некоторые примеры данных?   -  person Chase    schedule 07.10.2012
comment
Вы работаете с векторами? Датафреймы? Если кадры данных, что вы хотите, должно произойти, если только один элемент в строке пуст или NA? Пожалуйста, предоставьте более подробную информацию.   -  person Dason    schedule 07.10.2012
comment
Я искал, но не получается.   -  person lusketeer    schedule 07.10.2012
comment
@ user1301840: поиск в Google R удалить строки с NA или поиск в StackOverflow с этой фразой дают приведенный выше вопрос как лучший результат.   -  person David Robinson    schedule 07.10.2012
comment
На этот вопрос есть несколько хороших ответов о дополнительных способах удаления NA из набор данных.   -  person Bas    schedule 23.03.2016

Ответы (2)


arrow_upward
58
arrow_downward

Хорошей идеей будет установить для всех "" (пустых ячеек) значение NA перед любым дальнейшим анализом.

Если вы читаете свой ввод из файла, хорошим выбором будет приведение всех "" к NA:

foo <- read.table(file="Your_file.txt", na.strings=c("", "NA"), sep="\t") # if your file is tab delimited

Если у вас уже загружена таблица, вы можете действовать следующим образом:

foo[foo==""] <- NA

Затем, чтобы сохранить только строки без NA, вы можете просто использовать na.omit():

foo <- na.omit(foo)

Или сохранить столбцы без NA:

foo <- foo[, colSums(is.na(foo)) == 0]
person Ali    schedule 06.10.2012
comment
Это помогает, но удаляет все строки. Думаю, мне все еще нужно сузить круг до столбцов, которые я хочу проверить на NA. Спасибо за помощь - person lusketeer; 07.10.2012
comment
Спасибо за этот ответ! Действительно, выше вопрос задавался раньше, но если у вас есть пустые ячейки, а не ячейки NA, то это очень полезно. - person Simone; 29.04.2016
comment
Уточните, пожалуйста, что такое na.omit? В R 3.1.1 нет пакета na. - person Léo Léopold Hertz 준영; 30.10.2016
comment
@LéoLéopoldHertz준영, na.omit() — это функция в базовом пакете R. Точки не обозначают функции в R, как в Python. - person Matt; 04.10.2017
comment
С помощью dplyr это можно написать коротко и читабельно, например так: foo %>% na_if("") %>% na.omit - person Agile Bean; 13.08.2019

arrow_upward
11
arrow_downward

Не знаю точно, какой у вас набор данных, поэтому я даю общий ответ.

x <- c(1,2,NA,3,4,5)
y <- c(1,2,3,NA,6,8)
my.data <- data.frame(x, y)
> my.data
   x  y
1  1  1
2  2  2
3 NA  3
4  3 NA
5  4  6
6  5  8
# Exclude rows with NA values
my.data[complete.cases(my.data),]
  x y
1 1 1
2 2 2
5 4 6
6 5 8
person Andrej    schedule 06.10.2012
comment
это тоже исключает? - person lusketeer; 07.10.2012
comment
Нет. Я предлагаю вам сначала определить, какие значения NA есть в вашем наборе данных. - person Andrej; 07.10.2012
comment
Вы можете сначала преобразовать значения в NA, выполнив что-то подобное этому my.data[my.data == ""] <- NA, а затем использовать предоставленный ответ. - person Dason; 07.10.2012
comment
@ Андрей Я не совсем понимаю, что за значения NA, все показывает только NA. - person lusketeer; 07.10.2012
comment
Вы должны перекодировать все вхождения в NA, как предлагает @Dason - person Andrej; 07.10.2012
comment
спасибо за всю помощь, я думаю, что я хорошо отсюда сейчас. - person lusketeer; 07.10.2012