Как записать несколько бэндов из netcdf в бинарный файл?

У меня есть файл netcdf, я открыл его и прочитал одну переменную:

 K=open.ncdf("C:\\hiba_history.nc")
Smonthly= get.var.ncdf(nc=K,varid="evap",verbose=TRUE)

[1] "vobjtodimname: is a character type varid.  This file has 9 dims"
[1] "vobjtodimname: no cases found, returning FALSE"
[1] "get.var.ncdf: isdimvar: FALSE"
[1] "vobjtovarid: entering with varid=evap"
[1] "Variable named evap found in file with varid= 10"
[1] "vobjtovarid: returning with varid deduced from name; varid= 10"
[1] "get.var.ncdf: ending up using varid= 10"
[1] "ndims: 3"
[1] "get.var.ncdf: varsize:"
[1] 34 30 12
[1] "get.var.ncdf: start:"
[1] 1 1 1
[1] "get.var.ncdf: count:"
[1] 34 30 12
[1] "get.var.ncdf: totvarsize: 12240"
[1] "Getting var of type 3  (1=short, 2=int, 3=float, 4=double, 5=char, 6=byte)"
[1] "get.var.ncdf: C call returned 0"
[1] "count.nodegen: 34    Length of data: 12240" "count.nodegen: 30    Length of data: 12240"
[3] "count.nodegen: 12    Length of data: 12240"
[1] "get.var.ncdf: final dims of returned array:"
[1] 34 30 12
[1] "varid: 10"

Как вы можете видеть, эта переменная имеет 30 пикселей и 34 строки и 12 полос (месяцев). Я хотел бы просто написать сумму 12, поэтому я наконец получил один файл, который вычисляет сумму всех 12 месяцев (чтобы быть годовым)

      apply(Smonthly, c(1,2), sum) -> Sannual 
  to.write = file(paste("C:\\annual.bin",sep=""),"wb")

   writeBin(as.double(Sannual),to.write,size=4)

Когда я открыл файл через другую программу, я обнаружил, что карта (файл) была перевернута.


r binary netcdf
person sacvf    schedule 16.10.2012    source источник
comment
Уточните, пожалуйста, что не получилось, где не удалось посчитать сумму или не удалось сделать дамп файла? Пожалуйста, сделайте вашу проблему воспроизводимой...   -  person Paul Hiemstra    schedule 17.10.2012
comment
К вашему сведению, paste("C:\\annual.bin",sep="") не нужно, просто напишите "C:\\annual.bin".   -  person plannapus    schedule 17.10.2012

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

... и когда у вас есть месячные суммы, вы можете просто вызвать writeBin, чтобы сохранить их в файл:

a = array(runif(10*10*10), dim = c(10,10,10))
a_sum = apply(a, c(1,2), sum)
# Write stuff
writeBin(as.numeric(a_sum), "/tmp/test.bin", size = 4)
# read stuff back in
test = readBin("/tmp/test.bin", numeric(), 10*10, size = 4)
# ...succes???
> head(data.frame(test, as.numeric(a_sum)))
      test as.numeric.a_sum.
1 5.581374          5.581374
2 5.974429          5.974429
3 4.854637          4.854637
4 5.040194          5.040193
5 3.709209          3.709210
6 6.119048          6.119048
>     all.equal(test, as.numeric(a_sum))
[1] "Mean relative difference: 2.313248e-08"
>     all.equal(test, as.numeric(a_sum), tolerance = 1e-7)
[1] TRUE

примечание: почему вам нужно установить tolerance, чтобы all.equal вернуло TRUE, я оставляю в качестве упражнения для читателя.

person Paul Hiemstra    schedule 17.10.2012
comment
Затем поменяйте ось или запишите данные в файл в обратном порядке, см., например, Ответ @Spacedman на ваш предыдущий вопрос: заголовок stackoverflow.com/questions/12897176/ - person Paul Hiemstra; 17.10.2012

arrow_upward
2
arrow_downward

Что касается суммирования 12 месяцев вместе, вот как это сделать:

library(ncdf)
K <- open.ncdf("math.nc")
Smonthly <- get.var.ncdf(nc=K,varid="evap")
apply(Smonthly, c(1,2), sum) -> Sannual 
# Since the months are represented by dimension 3, you apply sum on dimensions 1 and 2

По запросу вот попытка сделать то же самое, используя raster:

library(raster)
library(ncdf)
Smonthly <- raster("math.nc", varname="evap", band=12)
Sannual <- calc(Smonthly, sum)
person plannapus    schedule 17.10.2012
comment
Просто любопытно, можно ли это сделать с raster? - person Roman Luštrik; 17.10.2012
comment
Честно говоря, я не очень хорошо знаком с подпрограммой writeBin/readBin, поэтому, к сожалению, я не могу помочь в этом аспекте вашего вопроса. - person plannapus; 17.10.2012