Как наложить несколько кривых плотности на один график в R

Попробуйте использовать ggplot2:

dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/")
library(ggplot2)
qplot(V1, colour=factor(V2), data=dnow, geom="density")

Вы также можете решить эту проблему с помощью пакета решетки.

require(lattice)
dnow <- read.table('http://dpaste.com/88561/plain/')
densityplot(~V1, groups=V2, data=dnow)

Использование базовой графики в стиле спагетти-кода:

plot.multi.dens <- function(s)
{
junk.x = NULL
junk.y = NULL
for(i in 1:length(s))
{
junk.x = c(junk.x, density(s[[i]])$x)
junk.y = c(junk.y, density(s[[i]])$y)
}
xr <- range(junk.x)
yr <- range(junk.y)
plot(density(s[[1]]), xlim = xr, ylim = yr, main = "")
for(i in 1:length(s))
{
lines(density(s[[i]]), xlim = xr, ylim = yr, col = i)
}
}
dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/")
library(sqldf)
x <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==0"))
y <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==1"))
z <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==2"))
plot.multi.dens(list(x,y,z))
library(Hmisc)
le <- largest.empty(x,y,.1,.1)
legend(le,legend=c("x","y","z"), col=(1:3), lwd=2, lty = 1)

Я обнаружил, что мне часто приходится делать это при просмотре данных микрочипов, поэтому я включил это как часть библиотеки служебного кода, которую я храню на github: ARE.utils, особенно plot.densities.

Он использует базовую графику, поэтому вы можете черпать вдохновение из этой функции, чтобы создать свою собственную, или просто продавать ее оптом (но она зависит от некоторых других функций в этой библиотеке):

1. create.densities, который преобразует список/матрицу /etc данных в список плотностей; а также
2. Функция match.dim (которая преобразует имена измерений "в числовые оси).

(При желании вы можете установить весь пакет, но я не обещаю, что функции в нем не изменятся каким-то образом, несовместимым с предыдущими версиями).

Нетрудно написать свою собственную такую ​​функцию, но просто убедитесь, что функция выбирает правильный диапазон по осям и прочее. В любом случае, вы должны использовать такой код:

library(ARE.utils)
# Create a matrix dataset with separate observations in columns
dat <- matrix(c(rnorm(100), rnorm(100, mean=3), 
                rnorm(100, mean=3, sd=2)),
              ncol=3)
# Plot them
plot.densities(dat, along='cols')

Это создаст три графика различной плотности на одной оси с их собственными цветами.