sqldf - sqliteExecStatement: ошибка в операторе: такой таблицы нет

Недавно я перешел на использование пакета sqldf, поэтому, возможно, я упускаю здесь смысл.
Я пытаюсь создать «выбор случая» вместо вложенного ifelse(). Я сначала сделал один, и он работает.

    cohort$activite = 
sqldf("select case activite when 1 then 'actif a plein temps'  
                            when 2 then 'actif a temps partiel'  
                            when 3 then 'actif en milieu'  
                            ELSE 'Données manquantes' END   
        from cohort")

Затем запустив еще один сразу после моего сценария, я получил эту ошибку:

    cohort$motifs_ini=
sqldf("select case motifs_ini when 1 then 'contre indication medicale'  
                              when 2 then 'refus du patient'   
                              when 4 then 'bilan en cours'   
                              when 3 then 'autre motif'  
                              when 99 then 'Non precise'  
                              ELSE 'Données Manquantes' END  
      from cohort") 

Erreur dans sqliteExecStatement(con, statement, bind.data) :   
RS-DBI driver: (error in statement: no such table: cohort)  
De plus : Message d'avis :  
In value[[3L]](cond) :  
RAW() can only be applied to a 'raw', not a 'character'

Я не понимаю, почему у меня есть эта ошибка. Фрейм данных существует, и я уже изменил переменную с помощью команды того же типа. Это потому, что я пытаюсь атаковать тот же data.frame?
Любая помощь будет признательна.

Редактировать: вот 6 первых строк моего фрейма данных из 9213 строк.

structure(list(dure_ttt = c(1402L, 556L, 778L, 30L, 123L, 241L
), sexe = c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L), nephro_ini1 = structure(c(68L, 
68L, 68L, 68L, 68L, 68L), .Label = c("0108NL", "0401NL", "0404NL", 
"0405NL", "0406NL", "0407NL", "0408NL", "0409NL", "0410NL", "0411NL", 
"0412NL", "0413NL", "0415NL", "0416NL", "0417NL", "0418NL", "0419NL", 
"0420NL", "0421NL", "0422NL", "0423NL", "0424NL", "0425NL", "0441NL", 
"0442NL", "0443NL", "0446NL", "0447NL", "0448NL", "0449NL", "0450NL", 
"0455NL", "0456NL", "0457NL", "0458NL", "0502NL", "0521NL", "0522NL", 
"0523NL", "0524NL", "0525NL", "0526NL", "0527NL", "0528NL", "0529NL", 
"0530NL", "0531NL", "0532NL", "0533NL", "0534NL", "0535NL", "0536NL", 
"0537NL", "0601NL", "0602NL", "0603NL", "0604NL", "0605NL", "0606NL", 
"0607NL", "0608NL", "0701NL", "0702NL", "0703NL", "0801NL", "0802NL", 
"0804NL", "0NL", "1107NL", "1108NL", "1141NL", "1145NL", "1308NL", 
"1337NL", "1352NL", "1414NL", "1415NL", "1416NL", "1417NL", "1435NL", 
"1501NL", "1502NL", "1503NL", "1505NL", "1506NL", "1507NL", "1521NL", 
"1522NL", "1523NL", "1531NL", "1535NL", "1536NL", "1540NL", "1542NL", 
"1551NL", "1552NL", "1554NL", "1558NL", "1749NL", "1801NL", "1804NL", 
"1805NL", "1806NL", "1812NL", "1813NL", "1814NL", "1817NL", "1823NL", 
"2213NL", "2215NL", "2216NL", "2307NL", "2311NL", "2314NL", "2318NL", 
"3202NL"), class = "factor"), catheter = c(1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 
0L), urgence = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), activite = c(8L, 4L, 
4L, 10L, 10L, 0L), nb_comorbidite_ini = c(2L, 6L, 6L, 3L, 2L, 
1L), presence_comorbidite_ini = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), nb_acv_ini = c(1L, 
1L, 3L, 3L, 0L, 0L), presence_acv_ini = c(1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 
0L), diabete_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), type_diabete_ini = c(99L, 
99L, 99L, 99L, 99L, 99L), insuline_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L), hta_ini = c(1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L), hypercholesterolemie_ini = c(0L, 
1L, 0L, 0L, 1L, 0L), fumeur_ini = c(0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L), 
    ex_fumeur_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), insuff_respiratoire_ini = c(0L, 
    1L, 0L, 0L, 0L, 0L), oxygenotherapie_ini = c(0L, 0L, 0L, 
    0L, 0L, 0L), insuffisance_cardiaque_ini = c(0L, 0L, 1L, 1L, 
    0L, 0L), stade_IC_ini = c(99L, 99L, 1L, 3L, 99L, 99L), infarctus_ini = c(0L, 
    0L, 1L, 1L, 0L, 0L), angor_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
    ), arythmie_ini = c(1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), arterite_MI_ini = c(0L, 
    1L, 1L, 0L, 0L, 0L), stade_arterite_MI_ini = c(99L, 1L, 3L, 
    99L, 99L, 99L), avc_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), ait_ini = c(0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L), cancer_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L
    ), cirrhose_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), cirrhose_A_ini = c(0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L), cirrhose_BC_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 
    0L, 0L), hepatite_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), hepatite_B_ini = c(0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L), hepatite_C_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
    0L), VIH_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), sida_ini = c(0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L), transpl_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
    0L), nb_handicap_ini = c(0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L), amputat_ini = c(0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L), hemipl_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
    ), cecite_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), compor_ini = c(0L, 
    1L, 1L, 0L, 0L, 0L), inscri_ini = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
    ), motifs_ini = c(1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 99L), hospit_ini = c(0L, 
    1L, 0L, 1L, 1L, 0L), nbr_hospit_ini = c(0, 2, 0, 1, 1, 0), 
    duree_hospit_ini = c(99L, 2L, 99L, 2L, 2L, 99L), marche_ini = c(3L, 
    3L, 99L, 1L, 3L, 99L), structure_ini = c(1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L), methode_ini = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), voie_abord_ini = c(1L, 
    3L, NA, 4L, 3L, 1L), nb_seances_ini = c(3L, 3L, NA, 3L, 3L, 
    3L), erythropoietine_ini = c(0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("dure_ttt", 
"sexe", "nephro_ini1", "catheter", "urgence", "activite", "nb_comorbidite_ini", 
"presence_comorbidite_ini", "nb_acv_ini", "presence_acv_ini", 
"diabete_ini", "type_diabete_ini", "insuline_ini", "hta_ini", 
"hypercholesterolemie_ini", "fumeur_ini", "ex_fumeur_ini", "insuff_respiratoire_ini", 
"oxygenotherapie_ini", "insuffisance_cardiaque_ini", "stade_IC_ini", 
"infarctus_ini", "angor_ini", "arythmie_ini", "arterite_MI_ini", 
"stade_arterite_MI_ini", "avc_ini", "ait_ini", "cancer_ini", 
"cirrhose_ini", "cirrhose_A_ini", "cirrhose_BC_ini", "hepatite_ini", 
"hepatite_B_ini", "hepatite_C_ini", "VIH_ini", "sida_ini", "transpl_ini", 
"nb_handicap_ini", "amputat_ini", "hemipl_ini", "cecite_ini", 
"compor_ini", "inscri_ini", "motifs_ini", "hospit_ini", "nbr_hospit_ini", 
"duree_hospit_ini", "marche_ini", "structure_ini", "methode_ini", 
"voie_abord_ini", "nb_seances_ini", "erythropoietine_ini"), row.names = c(NA, 
6L), class = "data.frame")

r sqldf
person Aman Gast    schedule 12.02.2013    source источник
comment
Используйте dput, чтобы опубликовать достаточно данных, чтобы воспроизвести проблему.   -  person G. Grothendieck    schedule 12.02.2013

Ответы (2)


arrow_upward
4
arrow_downward

Хм, я никогда не использовал sqldf, но пока он возвращает фрейм данных, назначение результатов первого запроса столбцу исходного фрейма данных повреждает его структуру и не разрешает другие запросы. Я попытался не назначать весь результат, а только первый столбец, и это сработало:

df2$activite<- sqldf("SELECT CASE activite 
                         WHEN 1 TEHN 'actif a plein temps'  
                         WHEN 2 TEHN 'actif a temps partiel'  
                         WHEN 3 TEHN 'actif en milieu'  
                         ELSE 'Données manquantes' END   
                      from df2")[[1]]

(где df2 — ваша когорта), а затем работают другие запросы. Может быть, есть более канонический способ получить то, что вам нужно...

person vodka    schedule 12.02.2013
comment
@водка Спасибо. Кажется, это работает, но у меня все еще есть предупреждение: In value[[3L]](cond) : RS-DBI driver: (error in statement: table 'df2' already exists) ... Загадка все еще остается, но пока это работает... - person Aman Gast; 12.02.2013
comment
@ Аман Гаст, пожалуйста, приведите этот новый выпуск в воспроизводимую форму. Если cohort является выводом dput в посте, то после исправления написания THEN код в ответе, а именно df2 <- cohort; df2$activite<- sqldf("SELECT CASE activite WHEN 1 THEN 'actif a plein temps' WHEN 2 THEN 'actif a temps partiel' WHEN 3 THEN 'actif en milieu' ELSE 'Données manquantes' END from df2")[[1]]`, у меня работает без ошибок и предупреждений. - person G. Grothendieck; 12.02.2013
comment
М-да, есть какая-то особая причина (или просто опечатка?) для редактирования с ТЭНом? (также CASE не работает, если имя столбца в нижнем регистре). - person vodka; 12.02.2013
comment
@vodka, THEN нужно писать так, как в этом предложении. Что вы имеете в виду, что CASE не работает, пока имя столбца в нижнем регистре? Имя столбца после CASE в моем последнем комментарии вводится в нижнем регистре, и код там работает для меня. - person G. Grothendieck; 12.02.2013
comment
Мне просто было интересно, почему оригинал затем стал TEHN для какой-то политики в отношении кода, о которой я не знаю, или если это было просто неправильное написание :) (насчет верхнего/нижнего регистра мои плохие, извините, слишком много Rsessions здесь). - person vodka; 12.02.2013

arrow_upward
3
arrow_downward

Ответ @vodka - хороший ответ. sqldf возвращает data.frame. Поэтому назначьте его напрямую, чтобы испортить исходный файл data.frame (становится списком списка).

Здесь просто способ вернуть более красивый результат. Вы можете использовать AS для назначения нового имени столбца, а затем использовать его для назначения старого столбца.

cohort <- data.frame(motifs_ini=c(1,2,3,4,99,100))
cohort$motifs_ini <- sqldf("SELECT CASE  motifs_ini
                               WHEN 1 THEN 'contre indication medicale'  
                               WHEN 2 THEN 'refus du patient'   
                               WHEN 4 THEN 'bilan en cours'   
                               WHEN 3 THEN 'autre motif'  
                               WHEN 99 THEN 'Non precise'  
                               ELSE 'Données Manquantes' 
                          END AS newcol
                          FROM cohort")$newcol


cohort
                  motifs_ini
1 contre indication medicale
2           refus du patient
3                autre motif
4             bilan en cours
5                Non precise
6         Données Manquantes
person agstudy    schedule 12.02.2013