Включить исходный код для работы из внешнего файла в R

У меня есть стандартная процедура анализа данных, которую мне нужно запустить на различных (~ 50 наборах данных). Я разрабатывал его в течение некоторого времени, и теперь я дошел до того, что хотел бы превратить его в функцию, которая берет набор данных и выдает какую-то разумную таблицу для каждого набора данных. Однако выполненная процедура охватывает четыре файла сценария, и до сих пор я использовал source от одного к другому для ее запуска, но кажется, что это невозможно с function.

У меня есть следующая проблема:

foo <- function(data) {
  a <- somevariable
  source("..somefile..") #The code in there uses a, but a is not in the workspace...
  ..
  continue
  ..
}

Код дает сбой, когда вы запускаете его в наборе данных.

Есть ли какой-нибудь способ (команда), который просто скопировал бы команды из других файлов во время компиляции (не знаю, как я мог бы назвать это по-другому, даже если это не настоящая компиляция) функции? Я знаю, что могу просто скопировать и вставить это сам, но я бы предпочел этого не делать, потому что различные шаги включают оценки нейронных сетей и ARFIMA, которые я хотел бы сохранить в отдельных файлах для удобочитаемости кода. В любом случае, после копирования-вставки функция будет состоять примерно из 200 строк кода, что определенно не удобно для пользователя...

Спасибо


r scoping reproducible-research
person krhlk    schedule 20.02.2013    source источник
comment
Почему бы не сделать файлы, которые вы сейчас используете source, аргументами функции? Похоже, вы близки к тому моменту, когда вам нужно начать формализовать вещи как функции, выполняющие определенные задачи, и, возможно, создать из них небольшой пакет (или, по крайней мере, получить все свои функции, а затем использовать их в других функциях).   -  person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013
comment
Нет, это всего лишь одноцелевой код, делать пакет бесполезно, я уже сделал довольно большой пакет для этого анализа. ;) Существует ли в R функция, которая включает только некоторый текст при компиляции?   -  person krhlk    schedule 20.02.2013
comment
Я не совсем уверен, что вы подразумеваете под «включает только текст при компиляции». Конечно, есть функции, которые включают блоки текста для передачи другой функции или записывают блоки текста в файлы, например файлы html.   -  person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013
comment
Ах, у вас проблема с областью действия больше всего на свете. ..some file.. необходимо записать как функцию, чтобы аргументы можно было заменять, и они не должны были иметь одинаковые имена во всех контекстах. Ясно, что среда исходной функции не совпадает с вызывающей функцией, иначе вы не получили бы ту ошибку, которую делаете. Исправление проблемы с окружением потребует больше работы и больше подвержено ошибкам, чем просто кусание пули и переписывание исходных скриптов как функций.   -  person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013
comment
Я предполагаю, что другим вариантом было бы поместить все это в файл Rnw и использовать sweave или knitr для анализа (без источника, просто включите полный код в фрагменты кода). Преимущество этого заключается в возможности писать хорошие отчеты и графики, если это важно.   -  person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013
comment
Другими словами, такой функции не существует?   -  person krhlk    schedule 20.02.2013
comment
Если я понимаю, что вы хотите, я не думаю, что такая функция существует или даже может существовать (как общая функция может прочитать случайный фрагмент кода и получить его правильно без какой-то таблицы, которая отображает имена вещи в каждой среде?Что, кстати, является точной целью использования функций внутри функций). Возможно, вас заинтересует эта статья о дизайне языка R. Каждый раз, когда я ее перечитываю (первая часть, вторая слишком тяжелая для меня!) я получаю новую оценку. См. r.cs.purdue.edu/pub/ecoop12.pdf.   -  person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013
comment
Я бы предложил обернуть код в какой-то файл в функцию с данными, которые будут в качестве аргумента.   -  person seandavi    schedule 20.02.2013

Ответы (3)


arrow_upward
1
arrow_downward

Я предлагаю начать с минимального примера, чтобы вы поняли, что влечет за собой написание функции, как загрузить функцию в R с помощью source(), как использовать аргументы и как вызывать функцию. После этого, надеюсь, будет более очевидно, куда идти дальше.

Чтобы ответить на ваш вопрос, если ваш скрипт включает в себя 200 строк кода и делает только одну вещь (то есть, он выполняет одну ФУНКЦИЮ), вы должны подумать о том, чтобы обернуть это в функцию, да. Это на самом деле повысит удобство для пользователя, а не снизит его, поскольку ваши сценарии теперь могут включать только одну строку (вызов функции), а не исходные 200 строк кода.

person seandavi    schedule 20.02.2013
comment
Да, я мог бы переписать это как функцию, но это заняло бы много времени, и мне было интересно, существует ли команда, которая включает только тексты? - person krhlk; 20.02.2013
comment
Я не думаю, что это займет много времени, когда вы узнаете, как это сделать, и это навык, который вы ХОТИТЕ изучить :), но source() — это то, что вы бы использовали для запуска кода из другого файла внутри вашей функции, если вы думаете, что это как-то проще. - person seandavi; 20.02.2013

arrow_upward
0
arrow_downward

Я предполагаю здесь, но что-то вроде этого:

myfunc <- function() {
if (something) source("path to script")
} else {
if (another thing) source("path to another script")
}
Do calcs and return the result
}

Или пути к сценариям могут быть аргументами функции.

person Bryan Hanson    schedule 20.02.2013

arrow_upward
0
arrow_downward

Я понимаю ваш вопрос, я предполагаю, что вы хотите использовать процедуру внутри функции, используя функцию source, поэтому вам нужно только добавить параметр local = T

Пример

#This is your source code
y<-x+1
#save in your favorite path as "your_path.R"

#Function where you will call the above code
your_function<-function(x){
source("your_path.R",local=T) #plus 1 to x. IMPORTANT: local=T
return(y)
}
person Henry Navarro    schedule 16.05.2018