Включение стрелок на графике NMDS в пакете R vegan

Я использую веганский пакет, чтобы построить NMDS в R, анализируя сходство сообщества. Это основано на матрице сообщества, которая включает различные методы лечения:

NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)

Может ли кто-нибудь сказать мне, как нарисовать стрелки, чтобы показать, как отдельные виды реагируют на лечение?


r vegan
person user1182741    schedule 24.05.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Стрелы были бы неправильной интерпретацией в таком сюжете; нет никаких оснований предполагать, что на графике, лучше всего сохраняющем ранговое несходство образцов, виды реагируют линейно в этом пространстве.

Мы добавляем виды, как если бы они были в ЦА, как средневзвешенное значение выборки, возможно, расширенное.

Вы можете добавить векторы видов, проецируя их в пространство с помощью envfit(), передав ему объект NMDS и данные о видах, community_matrix в вашем случае. Если у вас много видов, я бы, вероятно, отказался от перестановок, если вам действительно не нужно такое указание значимости.

person Gavin Simpson    schedule 24.05.2013
comment
Значит, значение проектируемых векторов в NMDS недостоверно? - person Leosar; 17.02.2016
comment
Что ж, они являются надежными, если выполняются предположения метода, которые относятся к линейной модели (в смысле общей линейной модели). Если предположение о линейности не подходит для имеющегося решения данных / NMDS, тогда да, значение p будет таким же надежным, как если бы вы применили простую линейную регрессию к данным, которые явно получены из базового полинома или не- линейная функция. Порядок ранжирования может соответствовать линейной зависимости, но с тем же успехом может и не быть. - person Gavin Simpson; 17.02.2016
comment
Следовательно, у нас есть ordisurf(), который позволяет проверить предположение о линейности с помощью подгонки поверхности GAM, а не линейной плоскости, предполагаемой подгонкой стрелки. - person Gavin Simpson; 17.02.2016