Как пропустить строку комментариев в файле данных, который я хочу импортировать, с помощью R

Если вы хотите пропустить первую и последнюю строку в файле, вы можете сделать это следующим образом. Используйте readLines, чтобы прочитать файл в вектор символов, а затем передайте его read.csv.

strs <- readLines("filename.csv")
dat <- read.csv(text=strs,             # read from an R object rather than a file
                skip=1,                # skip the first line
                nrows=length(strs) - 3 # skip the last line
                )

- 3 связано с тем, что количество строк данных на 3 меньше, чем количество строк текста в файле: 1 пропущенная строка в начале, 1 строка заголовков столбцов и 1 пропущенная строка в конце. Конечно, вы также можете просто проигнорировать аргумент nrows и удалить бессмысленную строку из вашего фрейма данных после импорта.

Вы можете размещать свои комментарии в любом месте файлов данных так же, как вы размещаете свои комментарии в сценарии R. Например, если у меня есть data.txt вот так:

# comment 1
str1
str2
# comment 2
str3
# comment 3
str4
str5# comment 4
str6
str7
# comment 5

Тогда вам не нужно ничего делать, чтобы пропустить комментарии:

> x<-read.table("data.txt", header=FALSE)
> x
    V1
1 str1
2 str2
3 str3
4 str4
5 str5
6 str6
7 str7
>

Обратите внимание, что comment 4 не читается. Вы можете изменить символ комментария #, используя опцию comment.char.

Вы можете пропускать произвольные строки в любом месте файла, если сочетаете подход readLines, который дает Хонг Оой, с отрицательным индексированием. Вот пример, который пропускает строки 2-5 в файле, который имеет заголовки, но количество строк аннотации/метаинформации:

lines <- readLines('myfile.txt')
mytable <- read.table(text = lines[-c(2:5)], sep = '\t', header = T)