Эта проблема может быть решена частично (если не полностью) с помощью специальной функции nl2br():

function nl2br_special($string){

    // Step 1: Add <br /> tags for each line-break
    $string = nl2br($string); 

    // Step 2: Remove the actual line-breaks
    $string = str_replace("\n", "", $string);
    $string = str_replace("\r", "", $string);

    // Step 3: Restore the line-breaks that are inside <pre></pre> tags
    if(preg_match_all('/\<pre\>(.*?)\<\/pre\>/', $string, $match)){
        foreach($match as $a){
            foreach($a as $b){
            $string = str_replace('<pre>'.$b.'</pre>', "<pre>".str_replace("<br />", PHP_EOL, $b)."</pre>", $string);
            }
        }
    }

    // Step 4: Removes extra <br /> tags

    // Before <pre> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><br /><pre>", '<br /><br /><pre>', $string);
    // After </pre> tags
    $string = str_replace("</pre><br /><br />", '</pre><br />', $string);

    // Arround <ul></ul> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><ul>", '<br /><ul>', $string);
    $string = str_replace("</ul><br /><br />", '</ul><br />', $string);
    // Inside <ul> </ul> tags
    $string = str_replace("<ul><br />", '<ul>', $string);
    $string = str_replace("<br /></ul>", '</ul>', $string);

    // Arround <ol></ol> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><ol>", '<br /><ol>', $string);
    $string = str_replace("</ol><br /><br />", '</ol><br />', $string);
    // Inside <ol> </ol> tags
    $string = str_replace("<ol><br />", '<ol>', $string);
    $string = str_replace("<br /></ol>", '</ol>', $string);

    // Arround <li></li> tags
    $string = str_replace("<br /><li>", '<li>', $string);
    $string = str_replace("</li><br />", '</li>', $string);

    return $string;
}

Это должно быть применено к содержимому до его очистки HTML. Никогда не обрабатывайте очищенный контент повторно, если вы не знаете, что делаете.

Обратите внимание: поскольку каждый перенос строки и двойной перенос строки уже сохранены, вам не следует использовать AutoFormat.AutoParagraph функцию HTML Purifier:

// Process line-breaks
$string = nl2br_special($string);

// Initiate HTML Purifier config
$purifier_config = HTMLPurifier_Config::createDefault();
$purifier_config->set('HTML.Allowed', 'p,ul,ol,li,strong,b,em,i,u,a[href],code,pre,blockquote,cite,img[src|alt],br,hr,h3,h4');
//$purifier_config->set('AutoFormat.AutoParagraph', true); // Make sure to NOT use this

// Initiate HTML Purifier
$purifier = new HTMLPurifier($purifier_config);

// Purify the content!
$string = $purifier->purify($string);

Вот и все!

Кроме того, поскольку разрешение основных HTML-тегов изначально предназначалось для улучшить взаимодействие с пользователем, не добавляя другой синтаксис разметки, возможно, вы захотите разрешить пользователям публиковать код, особенно HTML-код, который не будет интерпретироваться / удаляться HTML Purifier.

HTML Purifier в настоящее время позволяет размещать код, но требует сложных маркеров CDATA:

<![CDATA[
Place code here
]]>

Трудно вспомнить и написать. Чтобы максимально упростить взаимодействие с пользователем, я считаю, что лучше всего разрешить пользователям добавлять код, встраивая его с помощью простых тегов <code> (для встроенного кода) и <pre> (для блоков кода). Вот как это сделать:

function custom_code_tag_callback($code) {

    return '<code>'.trim(htmlspecialchars($code[1])).'</code>';
}
function custom_pre_tag_callback($code) {

    return '<pre><code>'.trim(htmlspecialchars($code[1])).'</code></pre>';
}

// Don't require HTMLPurifier's CDATA enclosing, instead allow simple <code> or <pre> tags
$string = preg_replace_callback("/\<code\>(.*?)\<\/code\>/is", 'custom_code_tag_callback', $string);
$string = preg_replace_callback("/\<pre\>(.*?)\<\/pre\>/is", 'custom_pre_tag_callback', $string);

Обратите внимание, что, как и обработка nl2br, это должно быть выполнено до того, как содержимое будет очищено HTML. Также имейте в виду, что если пользователь помещает теги <code> или <pre> в свой собственный опубликованный код, он закроет родительский тег <code> или <pre>, содержащий его код. Это не может быть решено, и это также относится к исходным маркерам CDATA или к любой разметке, даже той, которая используется в StackOverflow (например, использование символа `в образце кода закроет тег кода).

Наконец, для удобства пользователей есть и другие вещи, которые мы можем автоматизировать, например, ссылки, которые мы хотим сделать интерактивными. К счастью, это можно сделать с помощью функции HTML Purifier AutoFormat.Linkify.

Вот окончательный код, который включает в себя все для окончательной настройки:

// === Declare functions ===

function nl2br_special($string){

    // Step 1: Add <br /> tags for each line-break
    $string = nl2br($string); 

    // Step 2: Remove the actual line-breaks
    $string = str_replace("\n", "", $string);
    $string = str_replace("\r", "", $string);

    // Step 3: Restore the line-breaks that are inside <pre></pre> tags
    if(preg_match_all('/\<pre\>(.*?)\<\/pre\>/', $string, $match)){
        foreach($match as $a){
            foreach($a as $b){
            $string = str_replace('<pre>'.$b.'</pre>', "<pre>".str_replace("<br />", PHP_EOL, $b)."</pre>", $string);
            }
        }
    }

    // Step 4: Removes extra <br /> tags

    // Before <pre> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><br /><pre>", '<br /><br /><pre>', $string);
    // After </pre> tags
    $string = str_replace("</pre><br /><br />", '</pre><br />', $string);

    // Arround <ul></ul> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><ul>", '<br /><ul>', $string);
    $string = str_replace("</ul><br /><br />", '</ul><br />', $string);
    // Inside <ul> </ul> tags
    $string = str_replace("<ul><br />", '<ul>', $string);
    $string = str_replace("<br /></ul>", '</ul>', $string);

    // Arround <ol></ol> tags
    $string = str_replace("<br /><br /><ol>", '<br /><ol>', $string);
    $string = str_replace("</ol><br /><br />", '</ol><br />', $string);
    // Inside <ol> </ol> tags
    $string = str_replace("<ol><br />", '<ol>', $string);
    $string = str_replace("<br /></ol>", '</ol>', $string);

    // Arround <li></li> tags
    $string = str_replace("<br /><li>", '<li>', $string);
    $string = str_replace("</li><br />", '</li>', $string);

    return $string;
}


function custom_code_tag_callback($code) {

    return '<code>'.trim(htmlspecialchars($code[1])).'</code>';
}

function custom_pre_tag_callback($code) {

    return '<pre><code>'.trim(htmlspecialchars($code[1])).'</code></pre>';
}



// === Process user's input ===

// Process line-breaks
$string = nl2br_special($string);

// Allow simple <code> or <pre> tags for posting code
$string = preg_replace_callback("/\<code\>(.*?)\<\/code\>/is", 'custom_code_tag_callback', $string);
$string = preg_replace_callback("/\<pre\>(.*?)\<\/pre\>/is", 'custom_pre_tag_callback', $string);


// Initiate HTML Purifier config
$purifier_config = HTMLPurifier_Config::createDefault();
$purifier_config->set('HTML.Allowed', 'p,ul,ol,li,strong,b,em,i,u,a[href],code,pre,blockquote,cite,img[src|alt],br,hr,h3,h4');
$purifier_config->set('AutoFormat.Linkify', true); // Make links clickable
//$purifier_config->set('HTML.TargetBlank', true); // Uncomment if you want links to open new tabs
//$purifier_config->set('AutoFormat.AutoParagraph', true); // Leave this commented as it conflicts with nl2br


// Initiate HTML Purifier
$purifier = new HTMLPurifier($purifier_config);

// Purify the content!
$string = $purifier->purify($string);

Ваше здоровье!

может это поможет.

function custom_nl2br($html) {
    $pattern = "/<ul>(.*?)<\/ul>/s";
    preg_match($pattern, $html, $matches);

    $html = nl2br(str_replace($matches[0], '[placeholder]', $html));
    $html = str_replace('[placeholder]',$matches[0], $html);

    return $html;
}