Условная окраска ячеек в таблице

Альтернатива heatmap:

library(gplots)

# need data as matrix
mm <- as.matrix(testdf, ncol = 3)

heatmap.2(x = mm, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, dendrogram = "none",
          cellnote = mm, notecol = "black", notecex = 2,
          trace = "none", key = FALSE, margins = c(7, 11))

В heatmap.2 сторона графика, на которой должен быть нарисован axis, жестко запрограммирована. Но если вы наберете «heatmap.2» в консоли и скопируете вывод в редактор, вы сможете найти axis(1, где 1 — это аргумент side (два совпадения). Затем вы можете изменить значение с 1 (ось под графиком) на 3 (ось над графиком). Назначьте обновленной функции новое имя, например. heatmap.3 и запустите его, как указано выше.

Альтернатива addtable2plot

library(plotrix)

# while plotrix is loaded anyway:
# set colors with color.scale
# need data as matrix*
mm <- as.matrix(testdf, ncol = 3)
cols <- color.scale(mm, extremes = c("red", "yellow"))

par(mar = c(0.5, 1, 2, 0.5))
# create empty plot
plot(1:10, axes = FALSE, xlab = "", ylab = "", type = "n")

# add table
addtable2plot(x = 1, y = 1, table = testdf,
              bty = "o", display.rownames = TRUE,
              hlines = TRUE, vlines = TRUE,
              bg = cols,
              xjust = 2, yjust = 1, cex = 3)

# *According to `?color.scale`, `x` can be a data frame.
# However, when I tried with `testdf`, I got "Error in `[.data.frame`(x, segindex) : undefined columns selected".

Альтернатива color2D.matplot

library(plotrix)
par(mar = c(0.5, 8, 3.5, 0.5))
color2D.matplot(testdf, 
                show.values = TRUE,
                axes = FALSE,
                xlab = "",
                ylab = "",
                vcex = 2,
                vcol = "black",
                extremes = c("red", "yellow"))
axis(3, at = seq_len(ncol(testdf)) - 0.5,
     labels = names(testdf), tick = FALSE, cex.axis = 2)
axis(2, at = seq_len(nrow(testdf)) -0.5,
     labels = rev(rownames(testdf)), tick = FALSE, las = 1, cex.axis = 2)

После этого небольшого упражнения я склонен согласиться с @Drew Steen в том, что альтернативы LaTeX также могут быть исследованы. Например, проверьте здесь и здесь.

Вы можете взломать что-нибудь с сеткой и gtable,

palette(c(RColorBrewer::brewer.pal(8, "Pastel1"),
          RColorBrewer::brewer.pal(8, "Pastel2")))


library(gtable)
gtable_add_grobs <- gtable_add_grob # alias

d <- head(iris, 3)
nc <- ncol(d)
nr <- nrow(d)

extended_matrix <- cbind(c("", rownames(d)), rbind(colnames(d), as.matrix(d))) 

## text for each cell
all_grobs <- matrix(lapply(extended_matrix, textGrob), ncol=ncol(d) + 1)

## define the fill background of cells
fill <- lapply(seq_len(nc*nr), function(ii) 
  rectGrob(gp=gpar(fill=ii)))

## some calculations of cell sizes
row_heights <- function(m){
  do.call(unit.c, apply(m, 1, function(l)
    max(do.call(unit.c, lapply(l, grobHeight)))))
}

col_widths <- function(m){
  do.call(unit.c, apply(m, 2, function(l)
    max(do.call(unit.c, lapply(l, grobWidth)))))
}

## place labels in a gtable
g <- gtable_matrix("table", grobs=all_grobs, 
                   widths=col_widths(all_grobs) + unit(4,"mm"), 
                   heights=row_heights(all_grobs) + unit(4,"mm"))

## add the background
g <- gtable_add_grobs(g, fill, t=rep(seq(2, nr+1), each=nc), 
                      l=rep(seq(2, nc+1), nr), z=0,name="fill")

## draw
grid.newpage()
grid.draw(g)

Своего рода хакерское решение, основанное на ggplot2. Я не совсем понимаю, как вы на самом деле хотите сопоставить свои цвета, поскольку в вашем примере цвета в таблице не сопоставляются с именами строк testdf, но здесь я сопоставил цвета с value (преобразованный в фактор) .

testdf$color <- rownames(testdf)
dfm <- melt(testdf, id.vars="color")

p <- ggplot(dfm, aes(x=variable, y=color, label=value, fill=as.factor(value))) + 
  geom_text(colour="black") +
  geom_tile(alpha=0.2)
p

Вы можете изменить переменную, на которую сопоставляются значения, используя fill=, и вы можете изменить сопоставление, используя scale_fill_manual(values=[a vector of values].

Тем не менее, мне было бы любопытно увидеть решение, которое создает настоящую таблицу, а не график, маскирующийся под таблицу. Возможно, используя таблицы Sweave и LaTeX?