Как показать значение AUC из geom_density/stat_density

Я создал несколько графиков плотности, используя ggplot2 и stat_density. Мой коллега упомянул, что он не уверен, что площадь под каждой кривой в сумме будет равна 1. Итак, я решил вычислить площадь под кривой, и мне интересно, может ли быть лучший подход, чем тот, который я сделал.

Вот пример того, что я сделал:

data(iris)

p<-ggplot(iris,aes(x=Petal.Length))+
          stat_density(aes(colour=Species),geom="line",position="identity")

q<-print(p)
q<-q$data[[1]]

# calculate interval between density estimates for a given point.
# assume it is the same interval for all estimates
interval<-q$x[2]-q$x[1] 

# calculate AUC by summing interval*height for the density estimate at each point
tapply(q$density*interval,  
       q$group,
       sum)

Результат:

    1         2         3 
0.9913514 1.0009785 0.9817040

Кажется, это работает прилично, но мне интересно, есть ли лучший способ сделать это. В частности, кажется, что мой расчет интервала (то есть, dx) может быть проблемой, особенно если разные кривые плотности используют разные интервалы.


r ggplot2 auc kernel-density
person Jota    schedule 01.11.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Ваш способ уже хорош.

Другой способ сделать это — использовать правило трапеций:

data <- cbind(q$x, q$y)
by(data, q$group, FUN = function(x) trapz(x[, 1], x[, 2]))

Результаты почти такие же:

INDICES: 1
[1] 0.9903457

INDICES: 2
[1] 1.000978

INDICES: 3
[1] 0.9811152

Это связано с тем, что при пропускной способности, необходимой для того, чтобы график плотности выглядел разумно (interval в вашем коде), вы очень близки к тому, что получили бы, если бы могли выполнить фактический интеграл.

person Christopher Louden    schedule 01.11.2013