Java File.delete () не удаляет все файлы

Он возвращает значение boolean, вы должны это проверить. Из JavaDoc:

Возвращает: true тогда и только тогда, когда файл или каталог были успешно удалены; ложь иначе

Вам следует проверить значение возврата и принять меры.

Если он возвращает false, вполне возможно, что у вас нет разрешения на удаление файла.

В этом случае вы можете проверить, доступно ли приложение для записи в файл, и, если нет, попытаться сделать его доступным для записи - снова возвращается boolean. В случае успеха вы можете попробовать удалить еще раз.

Вы можете использовать служебный метод:

private void deleteFile(final File f) throws IOException {
    if (f.delete()) {
        return;
    }
    if (!f.canWrite() && !f.setWritable(true)) {
        throw new IOException("No write permissions on file '" + f + "' and cannot set writeable.");
    }
    if (!f.delete()) {
        throw new IOException("Failed to delete file '" + f + "' even after setting writeable; file may be locked.");
    }
}

Я бы также прислушался к их совету в JavaDoc:

Обратите внимание, что класс Files определяет метод удаления, который генерирует исключение IOException, когда файл не может быть удален. Это полезно для отчетов об ошибках и для диагностики, почему файл не может быть удален.

При условии, что вы используете Java 7 то есть. Этот метод вызывает ряд исключений, с которыми вы можете справиться:

try {
    Files.delete(path);
} catch (NoSuchFileException x) {
    System.err.format("%s: no such" + " file or directory%n", path);
} catch (DirectoryNotEmptyException x) {
    System.err.format("%s not empty%n", path);
} catch (IOException x) {
    // File permission problems are caught here.
    System.err.println(x);
}

Пример взят из учебной страницы Oracle.

Принудительный запуск сборщика мусора с использованием System.gc(); сделал все файлы доступными для удаления.

Убедитесь, что у вас нет открытого потока, такого как BufferedReader / Writer, FileReader / Writer и т. Д. Сначала закройте их, тогда вы сможете удалить файл. Еще один момент, например. если вы открываете BufferedReader через другой читатель, например FileReader, вы должны закрыть оба читателя по отдельности.

Итак, вместо этого:

BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(new File(filePath)););

сделай это:

BufferedReader bufferedReader = null;
FileReader fileReader = null;

try{
    fileReader = new FileReader(readFile);
    bufferedReader = new BufferedReader(fileReader);

}catch{...}

...

try {
    fileReader.close();
    bufferedReader .close();
    readFile.delete();
} catch (IOException e) {
    e.printStackTrace();
}