Я пытаюсь перебирать папки в каталоге при чтении и назначении файлов переменным в R.
Переменным я хочу назначить файлы shapefiles, поэтому я использую функцию readOGR из пакета rgdal. Цель состоит в том, чтобы позже объединить все шейп-файлы, принадлежащие определенному виду. Иерархия / структура каталога: type1> species> ids. shapefiles выглядит как id.shp и т. Д.
Примеры шейп-файлов можно загрузить здесь и здесь
#code
setwd("~/type1/")
#Extract ids belonging to $species. Later use in readOCR function
sp_id <- function(species){
wd = "~/type1/"
list_shp <- list.files(path=paste(wd,species,sep='/'), full.names = F, recursive = F, include.dirs = F)
vec <- character()
for (shp in list_shp){
y <- unlist(strsplit(shp, '\\.', perl=T))
vec <- unique(c(vec,y[1]))
}
#"1905" "4279"
#Extract dirs for where to perform readOCR function
list_dir <- list.dirs(path=paste(wd,species,sep='/'), full.names = F, recursive = F)
for (id in list_dir){
setwd(id)
print(getwd())
}
#"~/type1/speciesX1/1905"
#"~/type1/speciesX1/4279"
for (i in vec){
assign(paste("", i, sep=""), readOGR(".", i))
break
}
}
sp_id('speciesX1')
[1] "~/type1/speciesX1/1905"
OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: ".", layer: "1905"
with 10 features and 3 fields
Feature type: wkbPolygon with 2 dimensions
[1] "~/type1/speciesX1/4279"
Error in ogrInfo(dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv) :
Cannot open layer
Проблема в том, что код выполняется только readOGR для одного shapefile в одном из dirs, кажется, снова меняет каталог, но не выполняет последний readOGR.
