Ненулевой статус выхода R 3.0.1 «XML» и «RCurl»

У меня возникли проблемы с установкой XML и RCurl на моем компьютере с Ubuntu 13.10. Сегодня я выполнил все обновления и обновления sudo.

Я пытаюсь использовать погремушку для R. Я не могу установить «XML», необходимый для использования погремушки. Это почти тот же вопрос, который был задан прямо здесь всего год спустя и другая ОС. Вот сообщения об ошибках, которые я получаю:

> install.packages("RCurl")
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 850 Kb

* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpUwBkbS/downloaded_packages’
> install.packages("XML")
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 1.5 Mb

* installing *source* package ‘XML’ ...
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... 
rm: cannot remove 'a.out.dSYM': Is a directory
a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/XML’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpUwBkbS/downloaded_packages’

Не слишком уверен в том, как действовать дальше.


r install.packages linux xml rcurl
person MCP_infiltrator    schedule 19.12.2013    source источник
comment
Вы установили curl и xml в Linux. Запустите sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev и sudo apt-get install libxml2-dev.   -  person jdharrison    schedule 19.12.2013
comment
Важно установить библиотеки разработки для R. Возможно, вы не выбрали этот вариант (и решили установить устаревшую версию для загрузки).   -  person IRTFM    schedule 19.12.2013
comment
@jdharrison Я не пробовал эти команды, попробую, когда вернусь домой сегодня вечером.   -  person MCP_infiltrator    schedule 19.12.2013
comment
@IShouldBuyABoat Я не знал, что мне нужно установить библиотеки разработки для R. Я установил 3.0.1, когда обновил Ubuntu с 13.04 до 13.01, я просто установил из Центра программного обеспечения.   -  person MCP_infiltrator    schedule 19.12.2013
comment
@jdharrison, который решил проблему, поэтому вы можете указать это как ответ, и я приму его, спасибо.   -  person MCP_infiltrator    schedule 20.12.2013

Ответы (4)


arrow_upward
125
arrow_downward

Чтобы установить curl и xml на Ubuntu. Бегать

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

Сообщения об ошибках при установке пакета в R указывают на то, что библиотеки curl и xml отсутствуют или не могут быть найдены.

person jdharrison    schedule 20.12.2013
comment
или libcurl4-gnutls-dev будет работать как альтернатива libcurl4-openssl-dev. См. также askubuntu.com/a/428379/17060. - person michael; 17.06.2016
comment
Я работаю в WSL под управлением R на Ubuntu 16.04; эта команда в приглашении bash решила мою проблему apt-get install libssl-dev - person Bhail; 26.03.2018

arrow_upward
28
arrow_downward

В CentOS 6+ вы можете сделать это, используя

sudo yum -y install curl
sudo yum -y install libcurl libcurl-devel
sudo yum -y install libxml2 libxml2-devel
person Jijo    schedule 23.01.2014
comment
Вам также нужно sudo yum -y install libxml2 libxml2-devel - person xbsd; 02.06.2014
comment
Мне хватило первых двух команд, когда я устанавливал h2o - person Bas; 23.10.2015

arrow_upward
2
arrow_downward

Для тех, у кого не получается установить с помощью yum или apt-get, делюсь своим опытом:

Я установил libcurl-openssl-dev сам, скачав исходный код и скомпилировав. Однако я все еще сталкивался с проблемой Cannot find curl-config... Я не знал, что делать, пока не посмотрел исходный код RCurl и не увидел ссылку на переменную окружения CURL_CONFIG. Я попытался установить это сам в своем .bashrc, и, похоже, это сработало:

export CURL_CONFIG=~/my/libcurl/curl-config

person kjohnsen    schedule 03.07.2018

arrow_upward
0
arrow_downward

для Ubuntu 18.05 иногда в репозитории возникают проблемы, как показано ниже

добавить ниже репозиторий в строку sudoedited

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main

sudoedit /etc/apt/sources.list 
sudo apt-get update
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev --fix-broken
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-deve
person Mahendra    schedule 19.12.2020