Думаю, я успешно выполнял этот тип команды раньше
sudo su c "R e \"install.packages('countrycode', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
экран сообщает
Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library'
где находятся другие пакеты
тогда я получаю
downloaded 28kb
и он просто говорит, что исходные пакеты находятся в папке tmp, прежде чем вернуться к подсказке