Проблемы с использованием пакета xlsx для вставки данных из R в Excel

Мартин,

Я считаю, что проблема в том, что файл, который вы читаете, не является допустимым файлом .xlsx. Вот пример кода для воспроизведения вашей проблемы. Вы также можете изменить пример, чтобы решить проблему. В примере используется примерный набор данных из Интернета (расположение камеры контроля скорости в Балтиморе :-)).

По сути, строка 16 является виновником ошибки, вызванной в строке 26, которая генерирует ошибку, которую вы видите.

Error in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
`java.lang.IllegalArgumentException: Your InputStream was neither an OLE2 stream, nor an OOXML stream

чтобы воспроизвести ошибку, загрузите файл «rows.csv», когда вы вызываете read.xlsx в строке 26, это вызывает ошибку, которую вы видите. Чтобы исправить строку 16, загрузите «rows.xlsx» и перезапустите скрипт ниже:

#!/usr/bin/env Rscript

# Ensure Clean Setup...
# Unload packages
if (require(xlsx)) {
        detach("package:xlsx", unload=TRUE)
}
if (require(xlsxjars)) {
        detach("package:xlsxjars", unload=TRUE)
}
# Delete Environment...
rm(list = ls())

# Delete directory
if (file.exists("data")) {
        unlink("./data", recursive = TRUE)
}

# OK - we should be in a base state setup test...

if (!require(xlsx)) {
        install.packages("xlsx")
}

if (!file.exists("data")) {
        dir.create("data")
}

# Download the file as a CSV file (Deliberate mistake) not a XLSX file
# This causes the error seen when read.xlsx is invoked...
# To fix replace rows.csv with rows.xlsx

if (!file.exists("data/cameras.xlsx")) {
        fileUrl <- "https://data.baltimorecity.gov/api/views/dz54-2aru/rows.csv?accessType=DOWNLOAD"
        download.file(fileUrl, destfile = "./data/cameras.xlsx", method = "curl")
}

list.files("./data")

# Now we check the file exists and read in the data...
# read.xlsx will throw the java error as the file downloaded is not a valid excel file...

if (!file.exists(".data/cameraData.xlsx")) {
        cameraData.xlsx <- read.xlsx("./data/cameras.xlsx", sheetIndex=1, header = TRUE)
}

head(cameraData.xlsx)

Вот пример вывода:

1. #P6# <блочная цитата> #P7# #P8#

> source('test.R', echo=TRUE)

> #!/usr/bin/env Rscript
> 
> # Ensure Clean Setup...
> # Unload packages
> if (require(xlsx)) {
+         detach("package:xlsx", unload=TRUE)
+ }

> if (require(xlsxjars)) {
+         detach("package:xlsxjars", unload=TRUE)
+ }

> # Delete Environment...
> rm(list = ls())

> # Delete directory
> if (file.exists("data")) {
+         unlink("./data", recursive = TRUE)
+ }

> # OK - we should be in a base state setup test...
> 
> if (!require(xlsx)) {
+         install.packages("xlsx")
+ }
Loading required package: xlsx
Loading required package: xlsxjars

> if (!file.exists("data")) {
+         dir.create("data")
+ }

> # Download the file as a CSV file (Deliberate mistake) not a XLSX file
> # This causes the error seen when read.xlsx is invoked...
> # To fix replac .... [TRUNCATED] 
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0100  9923  100  9923    0     0  48559      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 48642

> list.files("./data")
[1] "cameras.xlsx"

> # Now we check the file exists and read in the data...
> # read.xlsx will throw the java error as the file downloaded is not a valid excel file...
> .... [TRUNCATED] 

> head(cameraData.xlsx)
                         address direction      street  crossStreet               intersection                      Location.1
1       S CATON AVE & BENSON AVE       N/B   Caton Ave   Benson Ave     Caton Ave & Benson Ave (39.2693779962, -76.6688185297)
2       S CATON AVE & BENSON AVE       S/B   Caton Ave   Benson Ave     Caton Ave & Benson Ave (39.2693157898, -76.6689698176)
3 WILKENS AVE & PINE HEIGHTS AVE       E/B Wilkens Ave Pine Heights Wilkens Ave & Pine Heights  (39.2720252302, -76.676960806)
4        THE ALAMEDA & E 33RD ST       S/B The Alameda      33rd St     The Alameda  & 33rd St (39.3285013141, -76.5953545714)
5        E 33RD ST & THE ALAMEDA       E/B      E 33rd  The Alameda      E 33rd  & The Alameda (39.3283410623, -76.5953594625)
6        ERDMAN AVE & N MACON ST       E/B      Erdman     Macon St         Erdman  & Macon St (39.3068045671, -76.5593167803)
> 

Возможно проблема в Java, а не в XLConnect. Убедитесь, что у вас установлена ​​Java, пройдя тест на сайте Java — он подтвердит, что Java установлена ​​правильно. Затем убедитесь, что R знает путь, по которому можно найти файл jre.dll или что-то вроде этого имени файла для того, что имеет решающее значение.

Во-вторых, вот код, который я использую в течение года, без сообщения об ошибке, которое вы получили. Если вам это поможет....

read.xls <- function(filename, sheetnumber=1, sheetname=NULL, forceConversion=TRUE, startCol=0,  stringsAsFactors=TRUE) {
wb <- loadWorkbook(filename)
if (is.null(sheetname)) sheetname = getSheets(wb)[sheetnumber]
df <- readWorksheet(wb, sheet=sheetname, forceConversion=forceConversion, startCol=startCol)
if (stringsAsFactors) {
ischar <- sapply(df, class) == "character"
for (i in 1:length(df)) {
if (ischar[i]) df[,i] <- factor(df[,i])
}
}
df
}