использование Adonis для сравнения с матрицами расстояний

У меня есть 2 две матрицы несходства. Один со сравнением наблюдаемых данных по 111 сайтам, а другой сгенерирован с использованием нулевой модели.

Я хотел бы использовать функцию adnois в vegan, чтобы проверить, значительно ли отличаются наблюдаемые различия от тех, которые ожидаются нулевой моделью. Однако функция Адониса будет принимать только одну матрицу несходства в левой части формулы.

Кто-нибудь знает, как смоделировать этот тест?

Спасибо


r matrix vegan
person ThallyHo    schedule 11.03.2014    source источник
comment
Почему бы вам не попробовать Mantel или частичные тесты Mantel?   -  person Paulo E. Cardoso    schedule 11.03.2014
comment
Хорошо, я не смотрел на них. Скажут ли они мне то же самое, что и PERMANOVA, т. е. существенно ли отличаются наблюдаемые и нулевые различия друг от друга?   -  person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
В некотором смысле да. Попробуйте library(vegan); ?vegan::mantel   -  person Paulo E. Cardoso    schedule 11.03.2014
comment
Таким образом, тест каминной полки говорит мне, коррелируют ли различия двух матриц, но не показывает, значительно ли различаются их относительные величины.   -  person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
В вегане вы можете использовать oecosimu() для создания собственных тестов. См. примеры в ?raupcrick для обработки различий. Использование oecosimu() требует, чтобы вы могли создать нулевую модель, которая работает с данными, и вы можете создать функцию для тестовой статистики. Рекомендуется использовать веганские 2.1-версии на R-Forge или github: в них лучше поддерживается подключение собственной нулевой модели.   -  person Jari Oksanen    schedule 11.03.2014
comment
@Яри Оксанен. Добро пожаловать! веганский 2.1 больше не будет доступен в cran?   -  person Paulo E. Cardoso    schedule 11.03.2014
comment
Спасибо. Ниже то, что я пробовал. Цель состоит в том, чтобы проверить, значительно ли модели бета-разнообразия на моих сайтах отличаются от стохастической сборки сообщества. Я использовал алгоритм Чейза и др., который поддерживает постоянное альфа- и гамма-разнообразие, а затем случайным образом перемешивает бинарную матрицу сообщества, присваивая вероятность заселенности видов на основе их наблюдаемой заселенности.   -  person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
meandis ‹- функция (x) означает (raupcrick (x, nsimul = 999, погоня = FALSE))   -  person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
тест ‹- oecosimu(com, meandis, nsimul = 999, r1)   -  person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
@PauloCardoso Нет, это будет доступно в CRAN. Версии r-forge и github — это место, где происходит разработка перед выпуском новых версий в CRAN.   -  person Gavin Simpson    schedule 12.03.2014

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Ответ на эту проблему был:

meanjac <- function(x) mean(vegdist(x, method='jaccard', diag=TRUE))
test <- oecosimu(x, nestfun=meanjac, method="r1", nsimul = 10^3, statistic='adonis')

который передает функцию для получения среднего значения матрицы несходства Жаккара в oecosimu, который затем использует метод «r1» для создания нулевых матриц сообщества путем случайного перемешивания бинарной матрицы сообщества, но присваивая вероятность занятости видов на основе их наблюдаемой занятости и сравнивая это к наблюдаемой матрице несходства.

Спасибо Яри за то, что указал мне правильное направление...

person ThallyHo    schedule 11.03.2014
comment
Это кажется очень хорошим, но я не понимаю этого полностью ... это означает, что модель будет строить в 10 ^ 3 раза больше vegdist и столько же раз тестировать ее на нулевой матрице сообщества с адонисом? - person Paulo E. Cardoso; 12.03.2014
comment
oecosimu построит 10 ^ 3 стохастических матриц сообщества, используя алгоритм r1, а затем использует meanjac, чтобы получить среднее несоответствие Жаккара из каждой из них и сравнить его со средним значением наблюдаемой матрицы сообщества. Я думаю, что статистика = 'adonis' на самом деле избыточна. - person ThallyHo; 12.03.2014