R {ape} clustal не может найти clustalw2

Я новичок в Р.

Я хотел бы использовать функцию R clustal в пакете ape для обработки моей последовательности ДНК, поэтому я могу использовать {pegas} для проведения дальнейшего анализа.

Однако, когда я впервые пробую пример, приведенный в руководстве:

clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2")

Но я получил сообщение об ошибке:

/bin/sh: clustalw2: command not found
Error in file(file, "r") : cannot open the connection. In addition: Warning massage: In file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s900000gn/T//Rtmp0RjsMr/input_clustal.aln' :No such file or directory

Я хотел бы знать, как решить эту проблему? Кстати, я использую ОС Mac OS 10.9. Спасибо.


person Hao-Wei Chang    schedule 22.04.2014    source источник


Ответы (1)


Убедитесь, что у вас установлен clustalw2. Скачайте *.msi отсюда:

http://www.clustal.org/download/current/

Затем запустите

требуется (обезьяна) исправить (clustal)

Убедитесь, что следующая часть кластерной функции:

ShortPathName("C:/Program Files/ClustalW2/clustalw2.exe")

... идеально соответствует размещению clustalw2.exe в вашей системе. Также замените все «/» на «\».

Надеюсь, это сработает - сработало для меня...

person user2406056    schedule 15.01.2015