Не удается загрузить X11 в R после обновления OS X Yosemite

Столкнулся со следующей ошибкой, когда пытаюсь использовать ggplot2 и построить график в консоли после обновления до Yosemite:

Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
  X11 module cannot be loaded
In addition: Warning message:
In (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  :
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so, 6): Library not loaded: /usr/X11/lib/libSM.6.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so
  Reason: image not found

Как я могу решить эту проблему?


macos r x11 osx-yosemite
person raynach    schedule 21.10.2014    source источник
comment
Я думаю, что этот вопрос лучше подходит для Ask Different   -  person Barranka    schedule 21.10.2014
comment
Вы переустанавливали XQuartz после обновления? Попробуйте сначала переустановить, прежде чем делать что-либо еще.   -  person Bhas    schedule 21.10.2014
comment
Прочитайте последние сообщения в списке рассылки r-sig-mac. Они укажут вам на соответствующую информацию.   -  person Carl Witthoft    schedule 21.10.2014

Ответы (4)


arrow_upward
28
arrow_downward

Выполните следующее в окне терминала:

locate libSM.6.dylib

или сделайте это из консоли R:

system("locate libSM.6.dylib")

В моей установке Yosemite он находится в /opt/X11/lib/libSM.6.dylib.

Если у вас аналогичная установка, то:

sudo ln -s /usr/X11 /opt/X11

должен помочь временно исправить это, но я бы продолжал искать пакет Yosemite R (поскольку он будет учитывать все изменения, внесенные Apple в структуру файловой системы).

person hrbrmstr    schedule 21.10.2014
comment
Вам также необходимо настроить символическую ссылку /usr/X11R6. Проще всего просто переустановить XQuartz, который сделает это за вас. - person Jeremy Huddleston Sequoia; 07.11.2014
comment
Мне пришлось переустановить XQuartz и открыть его (думаю, чтобы исправить символические ссылки). - person Jill-Jênn Vie; 25.08.2016

arrow_upward
37
arrow_downward

Похоже, что обновление ОС удалило символические ссылки /usr/X11 и /usr/X11R6. Пожалуйста, просто переустановите XQuartz с http://xquartz.macosforge.org, который снова настроит символические ссылки.

person Jeremy Huddleston Sequoia    schedule 07.11.2014
comment
Это должно быть решением. Насколько я знаю, многие приложения также требуют переустановки XQuartz. - person xji; 10.05.2017

arrow_upward
3
arrow_downward

Возможно, это не сработает для всех, я даже не совсем уверен, в чем проблема, но я нашел те же сообщения об ошибках после установки Yosemite и смог решить проблему, просто переустановив XQuartz из http://xquartz.macosforge.org

person KSlizzle    schedule 30.10.2014

arrow_upward
3
arrow_downward

Была такая же проблема с R и OS X Yosemite (но с файлом libpng15.15.dylib). Для меня были полезны следующие шаги:

  • установить последнюю версию XQuartz 2.7.7

  • sudo ln -s /opt/X11/lib/libpng15.15.dylib /usr/local/lib/libpng15.15.dylib

person Andrey Shokhin    schedule 05.12.2014