Я хотел бы предварить этот пост, чтобы сказать, что я новичок в кодировании R и биоинформатики, и что я был бы очень признателен за некоторые комментарии от этого знающего сообщества. Моя цель для кода, размещенного ниже, состоит в том, чтобы создать круговые диаграммы, которые показывают содержание аминокислот в белке из результатов BLAST. Я загрузил файл csv из UniProt, преобразовал его в матрицу и выписал код ниже. Я продолжаю получать сообщение об ошибке: In AAs[i] = table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i], "", useBytes = TRUE)) : количество заменяемых элементов не кратно длине замены. Столбец 8 — это выходной столбец, содержащий аминокислотные последовательности. Заранее спасибо!
mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)
AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
print(i)
BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
}
head(mydata)
,dput(mydata)
? И ожидаемые данные/график конечного результата? - person zx8754   schedule 02.12.2014