Проблема зависимости при установке пакета Caret в R

Я пытаюсь установить пакет R caret

Что дает мне ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’

Я попытался установить каждый из них по отдельности, что снова показывает, что установка продолжается, заканчиваясь сообщением о том, что installation of package ‘X’ had non-zero exit status

1: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status

Запросить рекурсивно установить какой-нибудь пакет. В чем проблема?

У меня была более старая версия, где я получал аналогичную ошибку. Я удалил и установил последнюю. Текущая версия R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet", но по-прежнему появляется похожее сообщение об ошибке.

ОБНОВЛЕНИЕ

НАЧАЛСЯ с: install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/'), который отображает сообщение:

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’, ‘scales’, ‘lme4’, ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’

и процесс заканчивается:

installing to /usr/local/lib/R/site-library/reshape2/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package ‘stringr’ was built before R 3.0.0: please re-install it
ERROR: lazy loading failed for package ‘reshape2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/reshape2’
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/lme4’
ERROR: dependencies ‘reshape2’, ‘scales’ are not available for package ‘ggplot2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/ggplot2’
ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘BradleyTerry2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/BradleyTerry2’
ERROR: dependencies ‘ggplot2’, ‘reshape2’, ‘BradleyTerry2’ are not available for package ‘caret’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/caret’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpcLo8Rw/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
2: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
3: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘scales’ had non-zero exit status
4: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘reshape2’ had non-zero exit status
5: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
6: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status
7: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘BradleyTerry2’ had non-zero exit status
8: In install.packages("caret", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package ‘caret’ had non-zero exit status

r r-caret

user123 15.12.2014 источник

comment

Вы пробовали после изменения repos? т.е. install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/') - akrun 15.12.2014

comment

@arkun: да, пробовал, проверьте обновление - user123 15.12.2014

comment

Если это так, я бы сначала переустановил stringr, а затем установил зависимости одну за другой, изменив repos, если он недоступен, а затем установил caret. Кстати, у меня также есть pumpkin helmet и установлен caret. - akrun 15.12.2014

comment

@akrun: какая у тебя версия R? - user123 15.12.2014

comment

Та же версия, что и у вас R 3.1.2 и caret_6.0-35, stringr_0.6.2 - akrun 15.12.2014

comment

Сотрите мой предыдущий комментарий — по крайней мере, для OSX бинарные файлы CRAN были собраны под 3.1.0 и должны нормально устанавливаться. Кстати, какую ОС вы используете? - Carl Witthoft 15.12.2014

comment

Установлен ли gcc-fortran? - imriss 22.02.2016

Ответы (8)

arrow_upward
10
arrow_downward

Как предлагает документация Caret, выполните install.packages("caret", dependencies = c("Depends", "Suggests")), чтобы убедиться, что все необходимые пакеты установлены. и разрешить все зависимости

Guillermo Santamaría 07.01.2016

comment

Мне не помогло на Fedora 25. Судоинг тоже не помог. Более 50 предупреждений о недоступности зависимостей. - Slazer; 18.05.2017

comment

Я пытался установить с помощью install_load(), и это решило мою проблему. - crypdick; 22.05.2018

arrow_upward
9
arrow_downward

У меня аналогичная проблема, когда я установил пакет Caret. Проблема, которую я обнаружил, была вызвана обновлением зависимости пакета. Обновление некоторых пакетов также изменит их зависимости, у которых может не быть правильной версии для последующего использования в других пакетах. Например, когда я устанавливаю каретку, он показывает:

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called minqa?

Решение, которое я нашел, состоит в том, чтобы сначала найти, какой пакет вызывает проблему. Вы можете получить эту информацию, просто установив нужный пакет. Для меня это "minqa". Так что просто установите этот пакет самостоятельно.

install.packages("minqa")

Моя проблема решилась таким образом.

Для вас вам нужно установить «minqa», «RcppEigen», «scales», «lme4», «ggplot2», «reshape2», «BradleyTerry2» один за другим.

tigergopro 15.02.2015

arrow_upward
2
arrow_downward

Я столкнулся с похожими проблемами с зависимостями при попытке установить каретку на R:

> install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
ERROR: dependency ‘car’ is not available for package ‘caret’

> install.packages("car", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
package ‘car’ is not available (for R version 3.1.2) 

'car' package is for >= R 3.2
> R.version                
version.string R version 3.1.2 (2014-10-31)

Я обнаружил, что «каре» больше не запрашивает зависимости после установки из ОС. старая версия "car" из пакета R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm:

$ sudo yum install --nogpgcheck R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm
Setting up Install Process
Examining R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm: R-car-2.0_21-1.8.x86_64
Marking R-car-2.0_21-1.8.x86_64.rpm to be installed
Resolving Dependencies
--> Running transaction check
---> Package R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8 will be installed
--> Finished Dependency Resolution
---8<---
Installed:
  R-car.x86_64 0:2.0_21-1.8                                                              
    Complete!

Затем:

    > install.packages("caret", contriburl = "file:///usr/repo_AO/CRAN/")
    Installing package into ‘/usr/share/R/library-users’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependency ‘ggplot2’
    * installing *source* package ‘ggplot2’ ...
    ** package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ----8<----
    ** building package indices
    ** installing vignettes
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (ggplot2)
    * installing *source* package ‘caret’ ...
    ** package ‘caret’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c caret.c -o caret.o
    gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o caret.so caret.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
    installing to /usr/share/R/library-users/caret/libs
    ----8<----
    ** testing if installed package can be loaded
    * DONE (caret)

(*) Я использовал локальный репозиторий, потому что нет прямого подключения к Интернету, но местоположение репо не имеет значения.

Ra_ 06.11.2015

arrow_upward
2
arrow_downward

В Linux Mint 17.3 KDE "Rosa" (64 бит), x86_64-pc-linux-gnu,
После установки R версии 3.3.0 (03.05.2016) — «Предположительно для образовательных учреждений».

У меня были похожие проблемы с несколькими пакетами (автомобиль, веган, психолог,...). Решилось запуском в командной строке (Терминал):

sudo apt-get install r-base-dev

R

> install.packages("car")

Суэрте!

Pablo Hernández Almaraz 07.06.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня была аналогичная проблема. я использовал

install.packages("caret", dependencies = c("Depends"), repos='http://cran.rstudio.com/')
и получил
ERROR: dependency 'car' is not available for package 'caret'
Установка машины отдельно через R не сработала, но с менеджером пакетов моего дистрибутива (Fedora)
dnf install R-car

Тогда первая команда была успешной.

Sören 30.04.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня также была аналогичная проблема с установкой пакета caret.

Я использую Linux Mint 17.3 Cinnamon 64-бит:

R версия 3.3.0 (2016-05-03)
Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-разрядная версия)
Работает под: Ubuntu 14.04.4 LTS

Первая установка каретки с помощью команды

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

выдал следующие сообщения об ошибках...

* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4  -c altmov.f -o altmov.o
/bin/bash: gfortran: command not found
make: *** [altmov.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’
* removing ‘/home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/minqa’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs

...

/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’

...

Затем я попытался запустить

install.packages("RcppEigen")

Но это не сработало и выдало те же ошибки о llapack и т. д. Затем я запустил в командной строке linux:

sudo apt-get install liblapack-dev

(это установка необходимых библиотек)

И после этого команда

install.packages("RcppEigen")

работал очень хорошо и так же

install.packages('caret', repos='http://cran.rstudio.com/')

Так что этот liblapack-dev был мне ответом.

Счастливый конец и спасибо за подсказки в этом обсуждении!

vtenhunen 09.05.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня была типичная проблема.
Когда я начал загружать пакеты зависимостей, я обнаружил ошибку:
was installed by an R version with different internals

Мне помогла переустановка этих пакетов

Kirill Panin 17.10.2018

arrow_upward
0
arrow_downward

Я уже устанавливал это на Linux, и оно работает:
sudo apt-get install -y r-cran-rcppeigen

igorkf 15.08.2020

Проблема зависимости при установке пакета Caret в R

Ответы (8)

Похожие вопросы