Пакет R для вязания пропускает куски R

Мне не удалось использовать пакет аккуратнее вязальщицы с фрагментами кода.

По сути, есть только несколько случаев, когда он интерпретирует их хорошо, но в большинстве случаев фрагменты не распознаются как таковые. То есть:

• Запуск уценки из RStudio отображает только фрагменты до сохранения файла. Если файл был сохранен, то он покажет код как есть: без вывода R.
• Я также пытался использовать knitr из LyX, и это вызвало другие проблемы. Самый простой пример knitr.lyx корректно отрисовывался как pdf, но не как html. Использование более сложных документов, таких как шаблон RJournal, показало другие ошибки.
  Rscript --verbose --no-save --no-restore

Сначала я думал, что это связано с моей установкой Rstudio, но теперь я уже не так уверен.

Кстати, у меня Ubuntu 15.04, и файлы, которые я использую, являются примерами из документации:

• Rstudio> Новый файл> Rmarkdown... отображает вывод R только до его сохранения.

• руководство knitr в LyX из репозитория Github.