Ошибка float.pie при использовании узлов из пакета ape

Я получаю сообщение об ошибке при использовании модели ARD функции ace в R. Ошибка

Ошибка в float.pie.asp(XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol) : float.pie: значения x не должны быть отрицательными

library(ape)
library(phylobase)
tree <- read.nexus("data1.nexus")
plot(tree)
data <- read.csv("phagy_species.csv")
clade.full <- extract.clade(tree, node=91)
plot(clade.full)
clade.1 <- drop.tip(clade.full, "Bar_bre")
clade.2<- drop.tip(clade.1, "Par_pho")
clade.3<- drop.tip(clade.2, "Par_iph")
clade.4<- drop.tip(clade.3, "Eur_ser")
clade.5<- drop.tip(clade.4, "Opo_sym")
clade.6<- drop.tip(clade.5, "Mor_pel")
clade.7<- drop.tip(clade.6, "Aph_hyp")
clade.8<- drop.tip(clade.7, "Ere_oem")
clade.9<- drop.tip(clade.8, "Cal_bud")
clade.10<- drop.tip(clade.9, "Lim_red")
clade.11<- drop.tip(clade.10, "Act_str")
clade.12<- drop.tip(clade.11, "Hel_hec")
clade.13<- drop.tip(clade.12,"Col_dir")
clade.14<- drop.tip(clade.13, "Hyp_pau")
clade.15<- drop.tip(clade.14, "Nym_pol")
clade.16<- drop.tip(clade.15, "Mel_cin")
clade.17<- drop.tip(clade.16,"Apa_iri")
clade.18<- drop.tip(clade.17, "Bib_hyp")
clade.19<- drop.tip(clade.18, "Mar_ors")
clade.20<- drop.tip(clade.19, "Apo_cra")
clade.21<- drop.tip(clade.20, "Pse_par")
clade.22 <- drop.tip(clade.21, "Lep_sin")
clade.23<- drop.tip(clade.22, "Dis_spi")
plot(clade.23)
data2 <- as.numeric(data[,2])
model2 <- ace(data2, clade.23, type="discrete", method="ML", model="ARD")
summary(model2)
d <-logLik(model2)
deviance(model2)
AIC(model2)
plot(clade.23, type="phylogram", cex=0.8, font=3, label.offset = 0.004)
co <- c("red", "blue", "green", "black")
nodelabels(pie = model2$lik.anc, piecol = co, cex = 0.5)

И вот тогда я получаю ошибку. Нет ошибки, если я использую исходное дерево без обрезки. Но когда я обрезаю их по своим требованиям, это становится отрицательным.

Вот файл дерева данных.

файл данных


r phylogeny ape-phylo
person user6385    schedule 28.05.2015    source источник
comment
Я также просто хочу отметить, что вам не нужно сбрасывать подсказки по одной и создавать кучу временных деревьев. Вы можете сделать все за один шаг, например clade <- drop.tip(clade, c("Bar_bre", "Par_pho", "Par_iph", "Eur_ser", "Opo_sym", "Mor_pel", "Aph_hyp", "Ere_oem", "Cal_bud", "Lim_red", "Act_str", "Hel_hec","Col_dir", "Hyp_pau", "Nym_pol", "Mel_cin","Apa_iri", "Bib_hyp", "Mar_ors", "Apo_cra", "Pse_par", "Lep_sin", "Dis_spi"))   -  person Slow loris    schedule 11.05.2016

Ответы (3)


arrow_upward
0
arrow_downward

Матрица, которую вы используете для пропорций пирога, содержит комплексные числа. Чтобы увидеть это, попробуйте:

class(model2$lik.anc[1,1])

Строки этой матрицы определяют пропорции секторов, и их сумма должна равняться 1. Ваш код создает график с секторами, если я заменю матрицу секторов в функции nodelabels следующим образом:

nodelabels(pie = matrix(0.25, 64, 4), piecol = co, cex = 0.5)

потому что теперь есть законная матрица для аргумента pie со строками, сумма которых равна 1.

Что касается того, почему у вас есть комплексные числа в этой матрице, я не уверен. Вероятно, это связано со всеми предупреждениями, выдаваемыми ace в вашем примере. Но это совсем другой вопрос.

person Slow loris    schedule 11.05.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня была такая же проблема с моими данными. Я поместил свои данные в матрицу (как предложил Slow Ioris), а затем удалил матрицу из списка.

x <- matrix(data=c(model2$lik.anc[,1],model2$lik.anc[,2],model2$lik.anc[,3],model2$lik.anc[,4]))
plotTree(tree,ftype="i",label.offset = 0.02)
nodelabels(pie = unlist(x))
person Nataliia    schedule 05.11.2020

arrow_upward
-1
arrow_downward

Для других людей, имеющих ту же проблему после очистки воображаемых частей своих данных: функция nodelabels дает ту же ошибку, когда вы предоставляете data.frame вместо матрицы для pie.

person Peter Lyko    schedule 01.02.2019