Схожу с ума с forceNetwork в R: ребра не отображаются

У меня была та же проблема (simpleNetwork работал нормально, forceNetwork сначала отображались только узлы и без ребер, а затем вообще не отображались).

Проблема (которую вы, по-видимому, исправили, когда «перестраивали кадры данных, начиная с нумерации с 0»), заключалась в том, что ваши исходные данные Links, edg, начинались с 1 вместо 0?

В документации networkD3, http://christophergandrud.github.io/networkD3/, есть следующее примечание:

Примечание. Вы, вероятно, привыкли к нумерации R, основанной на 1 (т. е. счет в R начинается с 1). Однако графики networkD3 создаются с использованием JavaScript, который основан на 0. Таким образом, ваши ссылки на данные должны начинаться с 0.

Ре. неправильные типы данных, которые, как я изначально думал, могут быть проблемой, я протестировал приведение всех различных столбцов (кроме переменной фактора для NodeID) as.numeric против as.integer - однако теперь исправив мои данные, чтобы они основывались на 0, а не на 1, мой дисплей forceNetwork нормально работает с любым типом данных.

Надеюсь это поможет!

Я только что исправил ту же проблему в своей собственной сети forceNetwork. Оказалось, что фрейм данных ребер, который я создал (экспортировал из iGraph), имел character типов, а не int типов. Приведение столбцов "от" и "к" с использованием as.numeric() решило проблему, и ссылки отрисовывались правильно.

Надеюсь, это поможет.

С уважением,

Буду

С технической точки зрения, причина, по которой данные вашего примера не будут работать, даже если вы решите другие возможные проблемы (например, edg$Gene1 и edg$Gene2 не являются числовыми), заключается в том, что вы ссылаетесь на узел 22 в ваших данных edg, который в «индексе на основе 0 " указывает на 23-ю строку вашего фрейма данных vert, которой не существует.

Как было указано, это, вероятно, связано с тем, что индексация основана на 1 и должна быть преобразована, что можно легко сделать с помощью

edg$Gene1 <- edg$Gene1 - 1
edg$Gene2 <- edg$Gene2 - 1

В качестве альтернативы можно было бы сослаться на другой узел, который по какой-либо причине не попал во фрейм данных vert, и в этом случае этот узел нужно было бы добавить во фрейм данных vert, что можно было легко сделать с помощью (для пример)...

vert <- rbind(vert, c(23,1,1))

Вы можете проверить, ссылаетесь ли вы на узел в ваших данных edj, который не существует в ваших данных vert, с помощью чего-то вроде...

all(unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))
# [1] FALSE

который должен вернуть TRUE. Если нет, то что-то не так.

Вы можете определить, какие узлы упоминаются в ваших данных edg, но не существуют в ваших данных vert с помощью...

unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2))[which(!unique(c(edg$Gene1, edg$Gene2)) %in% (1:nrow(vert) - 1))]
# [1] 22

полностью воспроизводимый пример настройки индексов в edg на «0»

edg <- read.csv(header = TRUE, colClasses = 'character', text = '
Gene1,Gene2,Prob
1,22,3
2,22,6
3,22,6
4,22,9
5,22,3
6,22,4
7,22,8
8,22,4
9,22,6
10,22,8
11,22,6
12,22,10
13,22,6
14,22,3
15,22,6
16,22,6
17,22,0
18,22,4
19,22,6
20,22,4
')

vert <- read.csv(header = TRUE, colClasses = 'character', text = '
Symbol,Chr,Expr
1,21,9
2,17,10
3,17,0
4,20,0
5,6,9
6,5,11
7,12,0
8,1,20
9,17,11
10,17,7
11,17,11
12,10,0
13,17,0
14,7,7
15,17,6
16,17,0
17,2,5
18,5,10
19,17,10
20,17,9
21,12,4
22,3,2
')

# cast to numeric just to be sure
edg$Gene1 <- as.numeric(edg$Gene1)
edg$Gene2 <- as.numeric(edg$Gene2)

# adjust the indices so they're "0-based"
edg$Gene1 <- edg$Gene1 - 1
edg$Gene2 <- edg$Gene2 - 1

# Nodesize is also necessarily numeric
vert$Expr <- as.numeric(vert$Expr)

library(networkD3)
forceNetwork(Links = edg, Nodes = vert, Source = "Gene1", Target = "Gene2", 
         Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
         Nodesize = "Expr", zoom = TRUE, legend = TRUE)

полностью воспроизводимый пример добавления узла в vert

edg <- read.csv(header = TRUE, colClasses = 'character', text = '
Gene1,Gene2,Prob
1,22,3
2,22,6
3,22,6
4,22,9
5,22,3
6,22,4
7,22,8
8,22,4
9,22,6
10,22,8
11,22,6
12,22,10
13,22,6
14,22,3
15,22,6
16,22,6
17,22,0
18,22,4
19,22,6
20,22,4
')

vert <- read.csv(header = TRUE, colClasses = 'character', text = '
Symbol,Chr,Expr
1,21,9
2,17,10
3,17,0
4,20,0
5,6,9
6,5,11
7,12,0
8,1,20
9,17,11
10,17,7
11,17,11
12,10,0
13,17,0
14,7,7
15,17,6
16,17,0
17,2,5
18,5,10
19,17,10
20,17,9
21,12,4
22,3,2
')

# cast to numeric just to be sure
edg$Gene1 <- as.numeric(edg$Gene1)
edg$Gene2 <- as.numeric(edg$Gene2)
vert$Expr <- as.numeric(vert$Expr)

# add another node to the Nodes data frame
vert <- rbind(vert, c(23,1,1))

library(networkD3)
forceNetwork(Links = edg, Nodes = vert, Source = "Gene1", Target = "Gene2", 
         Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
         Nodesize = "Expr", zoom = TRUE, legend = TRUE)

Я столкнулся с той же проблемой, но исправил ее, установив уровни факторов источника и цели так, чтобы они соответствовали именам узлов, прежде чем переводить их в числовые значения:

edg$Gene1<-factor(edg$Gene1,levels=vert$Symbol)
edg$Gene2<-factor(edg$Gene2,levels=vert$Symbol)
edg$source<-as.numeric(edg$Gene1)-1
edg$target<-as.numeric(edg$Gene2)-1

чтобы исходный и целевой векторы имели согласованные уровни факторов в виде имен узлов (vert$Symbol), затем

forceNetwork( Links = edg, Nodes = vert, Source = "source", Target = "target", 
          Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
          colourScale = "d3.scale.category20b()", Nodesize = "Expr", zoom = T,
          legend = T )

работает на меня.

Надеюсь, это полезно.