R shiny: как отлаживать развернутое приложение?

Я создал блестящее приложение R, и оно отлично работает на моей машине. Также он успешно развернут на сервере shinyapps.io. Однако, когда я пытаюсь нажать одну из кнопок для выполнения задачи, экран становится серым (зависает). Та же задача выполняется, когда я запускаю свое приложение локально. Я не вижу, в чем ошибка, потому что она успешно запущена на моем локальном компьютере. Есть идеи, как я могу это отладить?

Это журнал моего приложения:

2015-07-07T21:52:53.949714+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:53.950026+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:53.839040+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:stats’:
2015-07-07T21:52:53.949719+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:53.960914+00:00 shinyapps[50164]:     isNamespaceLoaded
2015-07-07T21:52:53.949718+00:00 shinyapps[50164]: Attaching package: ‘pkgmaker’
2015-07-07T21:52:53.960916+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:53.950023+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:S4Vectors’:
2015-07-07T21:52:54.666591+00:00 shinyapps[50164]: NMF - BioConductor layer [OK] | Shared memory capabilities [NO: bigmemory] | Cores 15/16
2015-07-07T21:52:54.666968+00:00 shinyapps[50164]:   To enable shared memory capabilities, try: install.extras('
2015-07-07T21:52:54.666971+00:00 shinyapps[50164]: NMF
2015-07-07T21:52:54.666973+00:00 shinyapps[50164]: ')
2015-07-07T21:52:54.672080+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.672084+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.672634+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:Rgraphviz’:
2015-07-07T21:52:54.672636+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.672637+00:00 shinyapps[50164]:     name
2015-07-07T21:52:54.672638+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.676643+00:00 shinyapps[50164]: The following objects are masked from ‘package:topGO’:
2015-07-07T21:52:54.676645+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.672083+00:00 shinyapps[50164]: Attaching package: ‘NMF’
2015-07-07T21:52:54.676647+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.680862+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:IRanges’:
2015-07-07T21:52:54.680864+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.680865+00:00 shinyapps[50164]:     compare
2015-07-07T21:52:54.680866+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.682353+00:00 shinyapps[50164]: The following objects are masked from ‘package:S4Vectors’:
2015-07-07T21:52:54.682355+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.682356+00:00 shinyapps[50164]:     compare, nrun
2015-07-07T21:52:54.705236+00:00 shinyapps[50164]: Loading required package: KEGGgraph
2015-07-07T21:52:54.713283+00:00 shinyapps[50164]: Loading required package: XML
2015-07-07T21:52:54.676646+00:00 shinyapps[50164]:     algorithm, algorithm<-
2015-07-07T21:52:54.682357+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.974597+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.974601+00:00 shinyapps[50164]: Attaching package: ‘XML’
2015-07-07T21:52:54.974602+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.975059+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:graph’:
2015-07-07T21:52:54.975061+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:54.975062+00:00 shinyapps[50164]:     addNode
2015-07-07T21:52:54.975063+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:55.046069+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:55.046423+00:00 shinyapps[50164]: The following object is masked from ‘package:NMF’:
2015-07-07T21:52:55.046426+00:00 shinyapps[50164]:     name<-
2015-07-07T21:52:55.046427+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:55.046425+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:55.046064+00:00 shinyapps[50164]: 
2015-07-07T21:52:55.046068+00:00 shinyapps[50164]: Attaching package: ‘KEGGgraph’
2015-07-07T21:52:55.235031+00:00 shinyapps[50164]: Warning in run(timeoutMs) :
2015-07-07T21:52:55.235050+00:00 shinyapps[50164]:   replacing previous import by ‘dendextend::%>%’ when loading ‘NMF’
2015-07-07T21:52:55.235175+00:00 shinyapps[50164]: Warning in run(timeoutMs) :
2015-07-07T21:52:55.235177+00:00 shinyapps[50164]:   replacing previous import by ‘dendextend::cutree’ when loading ‘NMF’

Спасибо


person Komal Rathi    schedule 07.07.2015    source источник
comment
На панели управления server.io у вас есть доступ к журналам. Я считаю, что с этого нужно начинать отладку.   -  person agstudy    schedule 08.07.2015
comment
Я действительно это проверил. Я не вижу здесь ошибки. Я использую то же приложение локально, и оно отлично работает.   -  person Komal Rathi    schedule 08.07.2015
comment
Последняя строка в файле журнала: 2015-07-07T21:45:27.544875+00:00 shinyapps[50163]: Warning in run(timeoutMs) :   -  person Komal Rathi    schedule 08.07.2015
comment
Вы впервые развертываете свое приложение? Я имею в виду, что вы разрабатывали локально и на последнем этапе развертывали или делали это постепенно? Очень сложно отладить полную версию. Я бы создал небольшое блестящее приложение, развернул его, а затем постепенно копировал / вставлял код из вашего приложения. Я предполагаю, что это версия пакета, поскольку я помню, что shiny io использует пакеты, размещенные на github, а не краны.   -  person agstudy    schedule 08.07.2015
comment
Я развертывал это приложение раньше ... Я развертываю его каждый раз после внесения изменений, чтобы проверить, как оно выглядит и работает. Раньше я развертывал приложения, и они хорошо себя зарекомендовали. Я не могу отлаживать этот код, пока он не выдаст мне ошибку, которой нет.   -  person Komal Rathi    schedule 08.07.2015
comment
Вы используете git для управления своими версиями? попробуйте перейти на предыдущую версию, которая работала, и сравнить ее. Я знаю, что это всего лишь своего рода устранение неполадок, но боюсь сказать, что это, возможно, ваше единственное решение.   -  person agstudy    schedule 08.07.2015
comment
К сожалению, нет.   -  person Komal Rathi    schedule 08.07.2015
comment
Может быть, вы можете попробовать связаться с ребятами из Rstudio. Они предлагают хорошую поддержку. Я даже считаю, что этот вопрос является своего рода поддержкой и правильнее задать его там.   -  person agstudy    schedule 08.07.2015


Ответы (1)


Судя по всему, это была проблема с памятью, 500 МБ памяти было недостаточно для этого приложения. Я изменил размер экземпляра со среднего (по умолчанию для бесплатных пользователей) на xx большой, и это сработало.

Вероятно, Warning in run(timeoutMs) в логах указывает на то, что вам не хватает памяти.

person Komal Rathi    schedule 10.09.2015
comment
Насколько по умолчанию xx Large ?? Разве это не ограничивается большим (1ГБ) для бесплатных пользователей ??. - person Agaz Wani; 03.12.2016