Как построить в R коррелограмму поверх корреляционной матрицы?

Хитрость использования функций панели в pairs находится в help(pairs):

Функция панели не должна пытаться начать новый график, а должна просто строить график в заданной системе координат: таким образом, «график» и «блочный график» не являются функциями панели.

Таким образом, вы должны использовать графические функции добавления, такие как points, lines, polygon или, возможно, (если доступно) plot(..., add=TRUE), но не прямой график. То, что вы предлагали в своем комментарии (с SpatialPolygons), могло бы сработать с некоторым подталкиванием, если бы вы на самом деле пытались построить его на тисках устройства, просто возвращая его из своей функции построения графика.

В приведенном ниже примере я на самом деле «создаю новый график», но я обманываю (на основе этот пост SO), добавив второй график поверх уже существующего. Я делаю это, чтобы сократить необходимый в противном случае масштаб/сдвиг, который все равно не будет идеальным, поскольку вам, кажется, нужен «идеальный круг», что на самом деле может быть гарантировано только с asp=1 (соотношение сторон фиксировано на 1: 1).

colorRange <- c('#69091e', '#e37f65', 'white', '#aed2e6', '#042f60')
## colorRamp() returns a function which takes as an argument a number
## on [0,1] and returns a color in the gradient in colorRange
myColorRampFunc <- colorRamp(colorRange)

panel.cor <- function(w, z, ...) {
    correlation <- cor(w, z)

    ## because the func needs [0,1] and cor gives [-1,1], we need to
    ## shift and scale it
    col <- rgb( myColorRampFunc( (1+correlation)/2 )/255 )

    ## square it to avoid visual bias due to "area vs diameter"
    radius <- sqrt(abs(correlation))
    radians <- seq(0, 2*pi, len=50)     # 50 is arbitrary
    x <- radius * cos(radians)
    y <- radius * sin(radians)
    ## make them full loops
    x <- c(x, tail(x,n=1))
    y <- c(y, tail(y,n=1))

    ## I trick the "don't create a new plot" thing by following the
    ## advice here: http://www.r-bloggers.com/multiple-y-axis-in-a-r-plot/
    ## This allows
    par(new=TRUE)
    plot(0, type='n', xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), axes=FALSE, asp=1)
    polygon(x, y, border=col, col=col)
}

pairs(mtcars, upper.panel=panel.cor)

Вы можете манипулировать размером кругов — за счет беспристрастной визуализации — играя с радиусом. Цвета я взял прямо со страницы, на которую вы изначально ссылались.

Аналогичные функции можно использовать для нижних и диагональных панелей.