Я знаю, что это старый вопрос, но мне интересно, есть ли у него решение сейчас.
Я обычно использую модель смешанных эффектов с lme4 пакетом с функцией lmer. Однако я знаю, что эта функция не позволяет мне включать в модель компоненты отрицательной дисперсии.
Я действительно хотел бы включить отрицательные отклонения в модель с R. Есть ли у кого-нибудь предложения, какие пакеты я бы использовал? Или новый lme4 это позволяет?
Новый lme4 не позволяет этого, и nlme тоже. Похоже, что ASReml может это сделать, если вы установите аргумент IGU, как описано здесь, но ASReml является коммерческим, поэтому у вас есть купить лицензию.
Более статистически обоснованный способ справиться с этой ситуацией - это, как правило, соответствие структуре дисперсии сложной симметрии, которая допускает отрицательные корреляции внутри групп. Вы можете сделать это через nlme или в несколько более экспериментальных фреймворках (например, в ветке разработки "flexLambda" lme4).
Дополнительное обсуждение из списка рассылки здесь.
