Привет, переполнение стека,
TL;DR: I want to plot a bar plot with bar height 34.30, the upper error
bar extending to 55.68, and the lower error bar extending to 21.12. Can I set
error bars manually in R?
Более длинная версия:
Я выполняю расчет дельта-дельта Ct для данных экспрессии генов. Я хочу использовать гистограмму, чтобы показать свое выражение. Я также хочу распространять ошибку в своих вычислениях. Я могу выполнить вычисления распространения в R или преуспеть, следуя методологии Livak et al. (2001) и получить верхнюю и нижнюю границы для моих доверительных интервалов. Но отображать их в R проблематично, потому что я сначала беру среднее значение каждого из моих методов лечения, затем беру разницу между этими средними значениями, а затем преобразую разницу. Таким образом, значение, которое я рисую, не зависит от нескольких измерений, а только от одного числа. Таким образом, построение планок погрешностей стандартным способом не работает, потому что для одного числа нет предела погрешности.
Выполняя расчеты самостоятельно, я могу найти верхнюю и нижнюю границы 95% доверительных интервалов. Я хотел бы иметь возможность просто указать их как верхний и нижний пределы моих планок погрешностей. Это возможно?
Ливак и др. (2001): http://www.gene-quantification.net/livak-2001.pdf
Вот пример того, как выглядят данные:
control
sample, gene1, gene2
1 , 30.00, 27.00
2 , 30.50, 27.25
3 , 29.50, 26.50
4 , 30.10, 26.90
treatment
sample, gene1, gene2
5 , 25.00, 27.00
6 , 25.50, 27.15
7 , 24.50, 26.80
8 , 25.10, 27.10
Таким образом, средние значения каждого гена в контроле составляют: ген1 = 30,03, ген2 = 26,91.
The difference of control values is then: 30.03-26.91 = 3.12
И тогда средние значения для каждого гена в лечении составляют: ген1 = 25,03, ген2 = 27,01.
The difference of control values is then: 25.03-27.01 = -1.98
а также
The difference in expression between the control and treatment is: -1.98 - 3.12 = -5.10
Значение выражения, которое я рисую (кратное изменение), равно: 2^-(5,10) = 34,30. Таким образом, полоса представляет собой 34,30-кратное изменение выражения.
Я использую предел погрешности для своих планок погрешностей и получаю верхнюю и нижнюю границы (-5,10), а затем преобразовываю их таким же образом (т.е. 2^-X), чтобы найти верхнюю и нижнюю границы погрешность преобразованных данных. Мне нужно вычислить верхнюю и нижнюю границы перед преобразованием, иначе я получу неправильные верхнюю и нижнюю границы для моего кратного изменения выражения.
Margin of Error = (StDev*(T-stat/sqrt(n))) = 0.70, thus
The upper bound of -5.10 is -4.40
The lower bound of -5.10 is -5.80
The transformed gene expression (2^-(-5.1)) is: 34.30
The transformed upper bound is: 55.68
The transformed lower bound is: 21.12
Таким образом, я бы хотел, чтобы моя полоса была высотой 34,30, а затем верхняя полоса ошибок расширялась до 55,68, а нижняя полоса ошибок расширялась до 21,12.
Спасибо!
