Я знаю, как использовать результаты PCA для рисования круга, но не удалось нарисовать x.lab и y.lab на основе результатов построения из s.class.
Как сделать сюжет, как я здесь разместил? 
Я хотел бы спросить об этом подробнее.
Как сделать точки больше или меньше в соответствии с другой целочисленной переменной?
Может ли ggplot2 нарисовать такой же круг, что и s.class? Предыдущие ответы не показывают, как рисовать круги.
Размер точек может регулироваться с помощью size. Эллипсы можно добавить через stat_ellipsis.
pca <- prcomp(iris[iris$Species %in% c("virginica","versicolor"),1:4], retx = TRUE, scale = TRUE,tol=0.4)
predicted <-predict(pca,iris[,1:4])
ggplot(data.frame(predicted))+aes(x=PC1,y=PC2,color=iris$Species)+geom_point(aes(size=iris$Sepal.Length))+stat_ellipse()+stat_ellipse(level=0.8)
Что я сделал в функции pcoa мой пакет msap должен был использовать s.class только для эллипсов и центроиды:
Добавьте пустой график с метками и ограничениями, зависящими от нескольких переменных:
plot(0,0, main=paste(name,surname, sep=": "), type = "n",
xlab=paste("C1 (",var1,"%)"),ylab=paste("C2 (",var2,"%)"),
xlim=c(minX-10^floor(log10(abs(minX))),maxX+10^floor(log10(abs(maxX)))),
ylim=c(minY-10^floor(log10(abs(minY))),maxY+10^floor(log10(abs(maxY)))),
frame=TRUE, cex=1.5)
Посмотрите на хлаб.
Нанесите точки для различных процедур/групп разными цветами/символами. Здесь вы можете установить размер точек, используя параметр cex.
for(i in 1:ntt){
points(spcoo[[i]], pch=21, col="black", bg=bgcolors[i])
}
Наконец, используйте c.class ade4 для построения эллипсов, звезд и групповых меток, но не точек (cpoint=0).
s.class(pcol$points, groups, cpoint=0, col=bgcolors, add.plot=TRUE)
В моем коде я получаю фигуру, подобную этой фигуре PCOA:
