Настройка области интереса в simpleitk

Я пытаюсь сегментировать опухоли печени в 3D вне компьютерной томографии тела. На данный момент у меня низкая точность 70%.

Мой план повышения точности состоит в том, чтобы сегментировать всю печень и установить ее в качестве интересующей области, а затем сегментировать опухоль внутри печени. Однако проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что любой метод пороговой обработки, который я использую (фильтр, подключенный к соседству, фильтр двоичного порогового изображения и т. д.), устанавливает значения внутри сегментации на белый (255), а снаружи на черный (0).

Есть ли способ, с помощью которого я могу сделать внешние воксели черными, но не касаться вокселей внутри печени? я читал документацию по ситку, но у меня возникли проблемы с поиском фильтра, который помог бы мне это сделать.


itk
person Ghazal    schedule 27.04.2016    source источник
comment
Привет Газель. Вы собрали лучшие результаты в сегментации? Если вы это сделали, не могли бы вы мне немного помочь, потому что у меня такая же задача :) пожалуйста, напишите мне на [email protected]   -  person flaviu2    schedule 17.02.2020


Ответы (1)


Во-первых, в SimpleITK чаще всего маски и многие сегментации представляют собой двоичные числа из 0 и нулей. Поэтому, пожалуйста, дважды проверьте, чтобы вывод был 0 и 255, вы можете изменить свой алгоритм сегментации, чтобы получить это в качестве вывода.

Вы можете использовать MaskImageFilter, где вы можете установить значение в изображении маски, которое «затемняет» изображение в оттенках серого.

Если оба ваших изображения имеют один и тот же тип, а ваше изображение маски равно 0 и 1, вы можете просто умножить изображения.

person blowekamp    schedule 29.04.2016