XML-документ как дерево от корня до листьев в r

Здесь работает решение, предложенное @alistaire в комментариях выше.

Просто не забудьте убрать пространство имен.

library( dplyr )
library( xml2 )

dat <- read_xml( "https://s3.amazonaws.com/irs-form-990/201541349349307794_public.xml" )
dat %>% xml_find_all( '//*') %>% xml_path()
#  [1] "/*"                            "/*/*[1]"                      
#  [3] "/*/*[1]/*[1]"                  "/*/*[1]/*[2]"                 
#  [5] "/*/*[1]/*[3]"                  "/*/*[1]/*[3]/*[1]" 


xml_ns_strip( dat )
dat %>% xml_find_all( '//*') %>% xml_path()
#  [1] "/Return"                                                                                               
#  [2] "/Return/ReturnHeader"                                                                                  
#  [3] "/Return/ReturnHeader/ReturnTs"  

Вот решение с использованием пакета «xml2». Я написал эту функцию, чтобы найти клапан на каждом узле, но в вашем случае мы просто ищем атрибут «id» для каждого узла.
Цель состоит в том, чтобы найти все узлы верхнего уровня без дочерних элементов и извлечь их значения, затем перейти к узлам с дочерними элементами. Затем повторяйте эту функцию рекурсивно, пока не будут найдены и обработаны наибольшие узлы-потомки.

library(xml2)
file<-read_xml('<node id="A">
   <node id = "AA">
               <node id = "AAA"></node>
               </node>
               <node id = "AB">
               </node>
               <node id = "AC">
               </node>
               </node>')

findchildren<-function(nodes, df){
  numchild<-sapply(nodes, function(x){length(xml_children(x))})
  #extract out the attribute, value and parents
  xmlattr<-xml_attr(nodes[numchild==0], "id")
  #xmlvalue<-xml_text(nodes[numchild==0])  #value of node
  xmlpath<-sapply(nodes[numchild==0], function(x) {toString(rev(xml_attr(xml_parents(x), "id")))})

  #dftemp<-data.frame(xmlattr, xmlvalue, xmlpath)
  dftemp<-data.frame(xmlpath, xmlattr)

  #merge results back to master df
  df<-rbind(df, dftemp)
  print(dim(df))  #Print statement for status
  #End of recursion
  if (sum(numchild)>0){
    findchildren(xml_children(nodes[numchild>0]), df) }
  else{ return(df)}
}

df<-data.frame()
df<-findchildren(xml_children(file), df) 
apply(df, 1, toString)

Эта функция выводит кадр данных из 2 столбцов. Первый столбец — это путь xml к узлу во втором столбце. Я использовал команду apply, чтобы объединить эти 2 столбца вместе для вашего окончательного решения. Порядок в конечном списке основан не на исходной конструкции документа, а на перечислении родительских, затем дочерних, внуков узлов.... Эта функция повторно вызывает rbind не самый эффективный метод, но приемлемый, если количество дочерних уровней не слишком велик.

Надеюсь, что это работает для вас.