Невозможно установить пакет rgdal в R на RHEL6, невозможно загрузить общий объект rgdal.so

У меня есть сервер AWS RHEL6, на котором я установил (скомпилировал) пакеты rgdal 1.9.2 и proj. Теперь в R я хочу установить пакет rgdal, но он дает эту ошибку:

** тестирование возможности загрузки установленного пакета
Ошибка в dyn.load (файл, DLLpath = DLLpath, ...):
невозможно загрузить общий объект '/ home / Roel / R / x86_64-redhat-linux -gnu-library / 3.3 / rgdal / libs / rgdal.so ':
libgdal.so.1: невозможно открыть файл общих объектов: нет такого файла или каталога Ошибка: загрузка не удалась
Выполнение остановлено
ОШИБКА: загрузка не удалась
* удаление '/home/Roel/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/rgdal' Предупреждение в install.packages: установка пакета 'rgdal' имела ненулевой статус выхода

Полный журнал установки можно найти здесь.

Когда я нахожу rgdal.so в Linux, он ничего не находит. Так же не могу найти как получить rgdal.so из чего он входит.

Кто-нибудь знает, как это исправить?


r linux rhel rgdal rhel6
person Roel Esselink    schedule 28.10.2016    source источник
comment
читал это? stackoverflow.com/questions/15248815/rgdal-package-installation   -  person J_F    schedule 28.10.2016
comment
Да, у меня была эта проблема до этой, но мне удалось ее решить.   -  person Roel Esselink    schedule 28.10.2016
comment
Для меня точная ошибка во время установки rgdal была unable to load shared object '/home/<username>/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/rgdal/libs/rgdal.so':, за которой следовало libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory. Ответ от @ RoelEsselink был решением.   -  person geneorama    schedule 13.06.2017

Ответы (2)


arrow_upward
6
arrow_downward

Я починил это:

Далее в журнале есть ошибка, которую я пропустил из-за ошибки в конце:

./proj_conf_test: error while loading shared libraries: libgdal.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

libgdal.so.1 находился в системе в / usr / local / lib.

Затем я сделал:

echo "/usr/local/lib" >> /etc/ld.so.conf.d/R-dependencies-x86_64.conf
ldconfig

Это исправило последующую ошибку, о которой я упоминал в OP.

person Roel Esselink    schedule 28.10.2016
comment
См. Ответ от @ user3342735 ниже, если вам отказано в разрешении. - person Elin; 30.06.2018

arrow_upward
4
arrow_downward

Если вы видите сообщение Permission Denied при запуске Roel's, попробуйте:

sudo ldconfig -c "echo '/usr/local/lib' >> /etc/ld.so.conf.d/R-dependencies-x86_64.conf"
person user3342735    schedule 03.02.2018
comment
Также вам может понадобиться lib64, а не lib. - person Elin; 30.06.2018