Я запускаю модель logistf на R
fit<-logistf(data=data, Amylose_trans ~ Tissue + Species); summary(fit)
logistf(formula = Amylose_trans ~ Tissue + Species, data = data)
Модель подобрана Penalized ML Доверительные интервалы и p-значения по профилю правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия Профиль правдоподобия
coef se(coef) lower 0.95 upper 0.95 Chisq p
(Intercept) -2.9444390 1.529438 -7.803600 -0.8816003 9.89263874 1.659412e-03
TissueFresh_comb -0.8108826 2.128231 -6.917669 4.7311183 0.11508982 7.344222e-01
Tissueguts 6.7620487 2.026376 3.573546 12.5665756 29.41458648 5.843615e-08
TissueNodules -1.0664308 2.053264 -6.764977 4.2922631 0.23665005 6.266362e-01
TissueOld_comb -1.0664308 2.053264 -6.764977 4.2922631 0.23665005 6.266362e-01
SpeciesO.badius 0.2386536 1.461843 -5.491559 5.5635990 0.01074908 9.174251e-01
SpeciesO.sp. 0.2386536 1.461843 -5.491559 5.5635990 0.01074908 9.174251e-01
Likelihood ratio test=140.6088 on 6 df, p=0, n=144
Wald test = 31.04725 on 6 df, p = 2.482811e-05
Ковариационная матрица:
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[1,] 2.339181e+00 -2.339181 -2.3391813 -2.3391813 -2.3391813 1.421471e-15 1.178081e-15
[2,] -2.339181e+00 4.529369 2.8174918 2.9407710 2.9407710 -1.080011e+00 -1.080011e+00
[3,] -2.339181e+00 2.817492 4.1061987 2.7118392 2.7118392 -6.690186e-01 -6.690186e-01
[4,] -2.339181e+00 2.940771 2.7118392 4.2158934 2.8078876 -8.414506e-01 -8.414506e-01
[5,] -2.339181e+00 2.940771 2.7118392 2.8078876 4.2158934 -8.414506e-01 -8.414506e-01
[6,] 1.421471e-15 -1.080011 -0.6690186 -0.8414506 -0.8414506 2.136985e+00 8.842641e-01
[7,] 1.178081e-15 -1.080011 -0.6690186 -0.8414506 -0.8414506 8.842641e-01 2.136985e+00
и я пытался извлечь значения Chisq, но не могу понять, как это сделать! Я могу легко извлечь коэффициент, термины, p.values, нижний и верхний ci и т. д. и т. д., но я не могу найти способ извлечь значения Chisq
какие-либо предложения?
заранее спасибо
logistf()
эту часть:fit$prob[i] <- 1 - pchisq(2 * (fit.full$loglik - fit.i$loglik), 1)
Введитеlogistf
в командной строке и введите, чтобы увидеть определение функции. - person jogo   schedule 05.02.2017