график сети ggraph: укажите координаты узла

Попытка построить сеть с помощью пакета ggraph и указать координаты каждого узла. Хотя я могу реализовать это с помощью пакета igraph, я не могу этого сделать с пакетом ggraph.

# reproducible example to generate a random graph
library(igraph)
g1 <- erdos.renyi.game(20, 1/2)
plot(g1)

# function to produce coordinates for each node in order of the node
# degree (number of links per node)
coord <- function(g){   
    n.nod <- length(V(g))
    mat.c <- matrix(0, nrow = n.nod, ncol = 2)
    deg <- degree(g)
    uniq.deg <- unique(deg)
    min.d <- min(deg); max.d<- max(deg)
    spa <- 10/(max.d - min.d) # how much to increment 0 to 10 space along y-axis

    divi.y.1 <- seq(from = min.d, to=max.d, by = 1)
    divi.y.2 <- seq(from = 0, to=10, by = spa)  # both have same length

    ind.x <- c(); ind.x[1] = 0
    for(x in 2:n.nod){
      ind.x[x] <- ind.x[x-1] + 0.1
      if(ind.x[x] >= 10){
        ind.x[x] = ind.x[x-1] - 0.1
      }  
    } 
 d1 <- data.frame(divi.y.1, divi.y.2)

 # plotting space of grid is (0,0), (0, 10), (10, 10), (10, 0)
 for(i in 1:n.nod){
    # y-axis in order
    inD <-  which(d1$divi.y.1 == deg[i])
    mat.c[i, 2] <- d1[inD,2]
 } 
 mat.c[, 1] <- ind.x
 return(data.frame(mat.c))
}

Вот "старомодный" способ построения объекта igraph:

# plot igraph object - the old fashion way
x11()
plot(g1, layout = coord(g1), rescale = T, frame=T,
 vertex.frame.color = "black", edge.color = "lightsteelblue",
 edge.width = 1, vertex.label.cex = 1,
 vertex.label.color = "black", 
 main = "Nodes in order of degree: top have more links, bottom fewer links")

Ссылка на ggraph документацию находится здесь. См. Также инструкции по установке пакета в репозитории GitHub для ggraph (требуется версия> R.3.3). Ниже приведен график ggraph, который работает (но я не указал координаты для каждого узла):

library(ggraph)
V(g1)$NaMe <- seq(1:20)

x11()
   ggraph(g1, 'igraph', algorithm = 'kk') +  
   geom_edge_link(colour = "black", alpha = 0.8, show.legend = F) + 
   geom_node_label(aes(label = NaMe)) + ggtitle("ggraph plot: How to allocate coordinate for each node?") + 
   ggforce::theme_no_axes()

Вот моя попытка построить график ggraph с указанными координатами для каждого узла. Следуя аналогичным примерам и более ранним попыткам в ggraph(), где координаты узлов передаются на график, я попробовал следующее:

g <- make_ring(10) + make_full_graph(5)
coords <- layout_(g, as_star())
plot(g, layout = coords)
# try to replicate this example:
coords2 <- add_layout_(g1, coord(g1))

Также пробовал использовать эту функцию. Это сложно, потому что в документации нет примера.

Lay <- layout_igraph_manual(g1, coord(g1))
Lay <- layout_igraph_igraph(g1, coord(g1))

x11()
ggraph(g1, 'igraph', algorithm = 'kk' ) + add_layout_(Lay) +
# layout_igraph_circlepack() + 
geom_edge_link(colour = "black", alpha = 0.8, show.legend = F) + 
geom_node_label(aes(label = NaMe)) + ggtitle("ggraph plot: Cannot allocate    coordinate for each node") + 
ggforce::theme_no_axes()

r networking ggraph ggforce cartesian-coordinates
person Cela_101    schedule 05.02.2017    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
3
arrow_downward

Я не верю, что автор намерен напрямую позвонить layout_igraph_manual. Если вы назовете компоновку "вручную", вы можете передать аргументы, необходимые для компоновки вершин вручную. Это принесло мне то, что вам нужно, если я правильно понимаю:

coords <- coord(g1)
names(coords) <- c("x","y")
coords <- as.data.frame(coords)

ggraph(g1, layout = "manual", circular = FALSE, node.positions = coords)+
  geom_edge_link(colour = "black", alpha = 0.8, show.legend = F) + 
  geom_node_label(aes(label = NaMe)) + ggtitle("ggraph plot: How to allocate coordinate for each node?") + 
  ggforce::theme_no_axes()

Согласно документации важно, чтобы ваш ручной макет был фреймом данных и содержал столбцы x и y. Я сделал это для вывода вашей coord() функции. Вероятно, вы просто захотите обновить его, чтобы вернуть данные в этой форме.

person MilesMcBain    schedule 17.02.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

Обычно вам не нужно думать о координатах узлов при использовании ggraph - они предоставляются автоматически в зависимости от выбранного макета. Если вы хотите заранее рассчитать макет самостоятельно, просто воспользуйтесь ручным макетом - проверьте документацию на layout_igraph_manual

person ThomasP85    schedule 06.02.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

Спасибо @ ThomasP85 (вау! Разработчик для ggraph). В этом случае я хотел указать координаты для каждого из узлов. Я пробовал layout_igraph_manual, layout_, add_layout_ и многие другие, но, похоже, это не сработало.

Что работало, так это

co2<- data.frame(coord(g1))  # my mistake above, the output of coord() should be a matrix
colnames(co2)<- c("x", "y")
Lay<- createLayout(g1, layout = "nicely") # try any layout
Lay$x<- co2$x  # <== now overwrite their coordinates
Lay$y<- co2$y


x11()  # <==== this is ggraph version of the igraph plot above 
ggraph(graph=g1, data=Lay) + 
geom_edge_link(colour = "black", alpha = 0.5, show.legend = F) + 
geom_node_label(aes(label = NaMe)) + ggtitle("Nodes with higher degree at top, lower degree nodes at the bottom") + 
ggforce::theme_no_axes()

@ ThomasP85, если вы можете предоставить рабочий пример с приведенным выше кодом, используя layout_igraph_manual, мы будем очень признательны.

person Cela_101    schedule 11.02.2017